225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0007 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0007  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 129 bp  256  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0033  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 129 bp  256  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.341902  normal  0.519563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0041  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 129 bp  254  5.000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.114691 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0007  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 		 122 bp  224  4e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0032  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 		 122 bp  224  4e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0043  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 		 122 bp  224  4e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122587 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  95.58 
 
 		 116 bp  184  4.0000000000000006e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  95.58 
 
 		 116 bp  184  4.0000000000000006e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12360  5S ribosomal RNA  93.16 
 
 		 129 bp  168  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0222476  normal  0.150299 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07400  5S ribosomal RNA  93.16 
 
 		 129 bp  168  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.224286  normal  0.168407 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0017  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 116 bp  161  5e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.069433 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0027  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 116 bp  161  5e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0583618  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 116 bp  159  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0017  5S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 116 bp  153  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0022  5S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 116 bp  153  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0029  5S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 116 bp  153  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000935796 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0060  5S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 116 bp  153  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0063  5S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 116 bp  153  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0018  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 117 bp  149  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0023  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 117 bp  149  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0031  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 117 bp  149  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0953498  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0062  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 117 bp  149  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0065  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 117 bp  149  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0034  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 117 bp  143  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.808795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0054  5S ribosomal RNA  91.51 
 
 		 117 bp  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0160021  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0019  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 		 117 bp  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0078  5S ribosomal RNA  91.51 
 
 		 117 bp  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0053  5S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 116 bp  137  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0159173  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04520  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 164 bp  137  8e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.342927  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0033  5S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 116 bp  137  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0068  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  137  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14270  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 166 bp  137  8e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00060826  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03880  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 165 bp  137  8e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.158034  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0067  5S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 116 bp  137  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0065  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 		 116 bp  137  8e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0066  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 		 117 bp  137  8e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.225371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0020  5S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 116 bp  137  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0077  5S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 116 bp  137  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0031  5S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 116 bp  137  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13570  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 164 bp  137  8e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.053497  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21630  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 164 bp  137  8e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.427298  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 		 116 bp  135  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0032  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  131  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0042  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247953  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0055  5S ribosomal RNA  92.39 
 
 		 117 bp  127  7e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05580  5S ribosomal RNA  90.1 
 
 		 129 bp  121  4.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  4.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  4.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0007  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  4.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0029  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  4.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25510  5S ribosomal RNA  90.1 
 
 		 129 bp  121  4.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07460  5S ribosomal RNA  90.1 
 
 		 129 bp  121  4.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.875946 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  4.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0048  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  4.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.48355  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0038  5S ribosomal RNA  89.42 
 
 		 117 bp  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0784313  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0046  5S ribosomal RNA  89.42 
 
 		 117 bp  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  90.53 
 
 		 117 bp  117  6.9999999999999995e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  90.53 
 
 		 117 bp  117  6.9999999999999995e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0020  5S ribosomal RNA  90.53 
 
 		 118 bp  117  6.9999999999999995e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.803833  normal  0.34124 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  87.83 
 
 		 117 bp  117  6.9999999999999995e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0037  5S ribosomal RNA  90.53 
 
 		 118 bp  117  6.9999999999999995e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0021  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0054  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.577391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0055  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.579519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0068  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.106732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0067  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.107142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0077  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0035  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0034  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0022  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0076  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 117 bp  115  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  88.07 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  88.07 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  88.07 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  88.07 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0044  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 116 bp  111  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000702474  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0047  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 116 bp  111  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0124102  hitchhiker  0.00149945 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 117 bp  109  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0066  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 117 bp  109  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0845472  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  91.46 
 
 		 117 bp  107  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0017  5S ribosomal RNA  94.2 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.644094 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0024  5S ribosomal RNA  94.2 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00043678 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0030  5S ribosomal RNA  94.2 
 
 		 117 bp  105  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.539781  decreased coverage  0.000469823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>