252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0044 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0044  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0043  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  226  1e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  91.07 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  91.07 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  91.07 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  91.07 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0065  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0841821  normal  0.044822 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0032  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00233043  normal  0.030987 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0050  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00286866  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05580  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 129 bp  67.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0066  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0845472  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25510  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 129 bp  67.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07460  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 129 bp  67.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.875946 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0041  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 122 bp  63.9  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.541052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0036  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 122 bp  63.9  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.380144 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0023  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 122 bp  63.9  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.451348  normal  0.87366 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0010  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 113 bp  63.9  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  63.9  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0023  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.881601  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0042  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.1617  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0047  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0065  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  90.2 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0055  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0017  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.069433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0045  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 112 bp  60  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0017  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0022  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0037  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 118 bp  60  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0007  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 122 bp  60  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0043  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 122 bp  60  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122587 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0060  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0063  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0029  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000935796 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0020  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 118 bp  60  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.803833  normal  0.34124 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0018  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0023  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0031  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0953498  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0062  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0065  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0042  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247953  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0032  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 122 bp  60  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0027  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0583618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SA  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SB  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0481886  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SC  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SD  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SE  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SF  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SG  1 ribosomal RNA  88.68 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000030846  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_R0002  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 110 bp  58  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.84828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_R0001  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 110 bp  58  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.119355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0007  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0033  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.341902  normal  0.519563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0041  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.114691 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0021  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0034  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0056  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0213918  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0008  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 110 bp  56  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0171823 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0005  5S ribosomal RNA  85.94 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0036  5S ribosomal RNA  85.94 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0040  5S ribosomal RNA  85.94 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.852672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0043  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.240203  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0058  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000489313  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>