207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0010 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0010  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 113 bp  224  4e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0008  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 110 bp  105  2e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0171823 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  95.16 
 
 		 117 bp  99.6  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0022  5S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0045  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 112 bp  85.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475262  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SA  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 108 bp  77.8  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000265032 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SB  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 108 bp  77.8  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SC  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 108 bp  77.8  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.557172 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SD  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 108 bp  77.8  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0027  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0051  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 110 bp  77.8  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0140103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0054  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 110 bp  77.8  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00173514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0012  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0436164  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0007  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0034  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 111 bp  77.8  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0029  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 111 bp  77.8  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0039  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 111 bp  77.8  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0236857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0044  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 111 bp  77.8  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.043736 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0012  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0026  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 111 bp  77.8  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0032  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 111 bp  77.8  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0905853 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0007  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0044  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 110 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0049  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 110 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.660583  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0001  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.881083  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0015  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0049  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0055  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0061  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657858  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0007  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.117205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0012  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0929617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 111 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 111 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0053  5S ribosomal RNA  88.33 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0034  5S ribosomal RNA  88.33 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0007  5S ribosomal RNA  88.33 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0043  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0044  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r3  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.225091  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S01  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 37 bp  61.9  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.263798 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S02  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 37 bp  61.9  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.377633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S03  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 37 bp  61.9  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00874161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0067  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 120 bp  61.9  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0011  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.114061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0024  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0029  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.364551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0036  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0016  5S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SA  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SB  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0481886  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SC  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SD  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SE  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SF  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SG  1 ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000030846  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0028  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.348714  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0004  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0008  5S ribosomal RNA  85.29 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0003  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000187832  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0007  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 107 bp  54  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0009  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0057  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0015  5S ribosomal RNA  82.8 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0043  5S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.304759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_r0656  5S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 36 bp  52  0.00003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.757563  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0022  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0017  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0063  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0018  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0023  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0031  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0953498  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0062  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0065  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0005  5S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0018  5S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0020  5S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0060  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0029  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000935796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>