104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0039 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0029  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 111 bp  220  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0032  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 111 bp  220  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0905853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0034  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 111 bp  220  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0039  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 111 bp  220  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0236857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0026  5S ribosomal RNA  99.1 
 
 		 111 bp  212  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0044  5S ribosomal RNA  99.1 
 
 		 111 bp  212  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.043736 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0010  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 113 bp  77.8  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0011  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.114061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0024  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0029  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.364551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0036  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0045  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475262  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SA  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000265032 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SB  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SC  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.557172 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SD  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0008  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 110 bp  69.9  0.0000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0171823 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0051  5S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 110 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0140103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0054  5S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 110 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00173514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0007  5S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 109 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0012  5S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 109 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0007  5S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 109 bp  65.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0012  5S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 109 bp  65.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0436164  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0027  5S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 109 bp  65.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0001  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.881083  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0015  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0049  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0055  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0061  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657858  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0067  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S01  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 37 bp  61.9  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.263798 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S02  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 37 bp  61.9  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.377633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S03  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 37 bp  61.9  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00874161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r3  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 118 bp  60  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.225091  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0044  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 110 bp  58  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0049  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 110 bp  58  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.660583  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0007  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 108 bp  58  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.117205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0012  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 108 bp  58  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0929617  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0007  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 107 bp  58  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0022  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SA  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  54  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SB  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  54  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0481886  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SC  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  54  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SD  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  54  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SE  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  54  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SF  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  54  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SG  1 ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  54  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000030846  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0025  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 117 bp  54  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.102792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0036  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 117 bp  54  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.484974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0050  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 117 bp  54  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00973992  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0060  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 117 bp  54  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.136348  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 132 bp  54  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 132 bp  54  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0055  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 107 bp  52  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0298861  normal  0.0925037 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0047  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 107 bp  52  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00389628  normal  0.338784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0006  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 107 bp  52  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00175  normal  0.724893 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_r0656  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 36 bp  50.1  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.757563  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_r1370  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 36 bp  50.1  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0003  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000187832  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0009  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0008  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0014  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.890226  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0038  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.274795  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0054  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00998637  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0043  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0044  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 111 bp  46.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 111 bp  46.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0022  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0311578  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0082  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0171  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.114955  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0184  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 127 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00848557  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0412  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0961397  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r1781  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 127 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.386687  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0007  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 119 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0008  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 119 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808782  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0019  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 119 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.296052  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0022  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0063  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0068  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0079  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 119 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0007  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0528996  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0008  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000537705  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0020  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0023  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0063  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.455895  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0068  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0079  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0009  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0647002  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0025  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0315832  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0022  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0032  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0037  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.047404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0070  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.260067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0022  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 115 bp  46.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0054  5S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 115 bp  46.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>