61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0011 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0011  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 112 bp  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.114061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0024  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 112 bp  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0029  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 112 bp  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.364551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0036  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 112 bp  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0044  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.043736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0026  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0029  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0032  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0905853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0034  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0039  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0236857 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0067  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0061  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657858  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0055  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0049  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0015  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0001  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.881083  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0045  5S ribosomal RNA  95.35 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475262  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SB  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 108 bp  63.9  0.000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0008  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 110 bp  63.9  0.000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0171823 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SA  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 108 bp  63.9  0.000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000265032 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SC  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 108 bp  63.9  0.000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.557172 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SD  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 108 bp  63.9  0.000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0010  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0027  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 109 bp  58  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0012  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 109 bp  58  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0436164  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0007  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 109 bp  58  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0012  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 109 bp  58  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0007  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 109 bp  58  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0054  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 110 bp  58  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00173514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0051  5S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 110 bp  58  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0140103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S01  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 37 bp  56  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.263798 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S02  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 37 bp  56  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.377633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S03  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 37 bp  56  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00874161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0044  5S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 110 bp  50.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0007  5S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 108 bp  50.1  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.117205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0012  5S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 108 bp  50.1  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0929617  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0049  5S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 110 bp  50.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.660583  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r3  5S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.225091  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0007  5S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 107 bp  50.1  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0022  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0311578  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0018  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0171  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.114955  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0005  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0020  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0033  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0049  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0052  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0076  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0092  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.214269  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r1781  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 127 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.386687  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0412  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0961397  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0184  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 127 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00848557  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0082  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  46.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0003  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 116 bp  44.1  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000187832  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0008  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 116 bp  44.1  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0009  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 116 bp  44.1  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0057  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 116 bp  44.1  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0022  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 116 bp  44.1  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>