140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0045 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0045  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 112 bp  222  9.999999999999999e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0008  5S ribosomal RNA  92.21 
 
 		 110 bp  105  2e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0171823 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 117 bp  97.6  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG5SA  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 108 bp  91.7  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000265032 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SB  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 108 bp  91.7  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SC  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 108 bp  91.7  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.557172 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SD  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 108 bp  91.7  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0007  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 109 bp  85.7  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0012  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 109 bp  85.7  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0010  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 113 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0051  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 110 bp  77.8  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0140103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0054  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 110 bp  77.8  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00173514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0007  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0012  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0436164  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0027  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 109 bp  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0015  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0034  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0044  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.043736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0039  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0236857 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0016  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0035  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0016  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0035  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0026  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0029  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0032  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0905853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0034  5S ribosomal RNA  97.56 
 
 		 111 bp  73.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0044  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 110 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0049  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 110 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.660583  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0001  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.881083  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0015  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0049  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0055  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0061  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657858  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0007  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.117205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0012  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 108 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0929617  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0011  5S ribosomal RNA  95.35 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.114061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0024  5S ribosomal RNA  95.35 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0029  5S ribosomal RNA  95.35 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.364551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0036  5S ribosomal RNA  95.35 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0028  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349072  normal  0.465513 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0039  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S01  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 37 bp  63.9  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.263798 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S02  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 37 bp  63.9  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.377633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r5S03  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 37 bp  63.9  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00874161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r3  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.225091  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0067  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 120 bp  61.9  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0043  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0044  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0007  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 107 bp  60  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0022  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0005  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0018  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0020  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0033  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0049  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0052  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0076  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0092  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.214269  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 114 bp  54  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 114 bp  54  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0004  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0028  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.348714  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0057  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_r0656  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 36 bp  50.1  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.757563  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_r1370  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 36 bp  50.1  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0008  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0054  5S ribosomal RNA  83.54 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00998637  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0018  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 114 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r136751  5S ribosomal RNA  83.54 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.913461  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0032  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00233043  normal  0.030987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0050  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00286866  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0065  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0841821  normal  0.044822 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>