32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0038 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0038  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 110 bp  218  2e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.274795  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0014  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 110 bp  218  2e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.890226  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0008  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 110 bp  218  2e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 110 bp  212  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00998637  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0067  5S ribosomal RNA  83.72 
 
 		 120 bp  60  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0022  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0012  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 109 bp  56  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0007  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 109 bp  56  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0055  5S ribosomal RNA  82.56 
 
 		 120 bp  52  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0061  5S ribosomal RNA  82.56 
 
 		 120 bp  52  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657858  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0049  5S ribosomal RNA  82.56 
 
 		 120 bp  52  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0015  5S ribosomal RNA  82.56 
 
 		 120 bp  52  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0001  5S ribosomal RNA  82.56 
 
 		 120 bp  52  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.881083  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0007  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0039  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 111 bp  48.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0236857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0044  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 111 bp  48.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.043736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0034  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 111 bp  48.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0032  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 111 bp  48.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0905853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0029  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 111 bp  48.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0026  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 111 bp  48.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0045  5S ribosomal RNA  83.54 
 
 		 112 bp  48.1  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0027  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0012  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0436164  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0054  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00173514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0051  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0140103  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SA  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 108 bp  46.1  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000265032 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0008  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 110 bp  46.1  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0171823 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG5SD  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 108 bp  46.1  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG5SC  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 108 bp  46.1  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.557172 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0010  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 113 bp  46.1  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG5SB  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 108 bp  46.1  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>