More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_R0036 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_R0036  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0040  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.852672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0005  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6010  5SrRNA  89.66 
 
 		 118 bp  101  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.810803 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6017  5SrRNA  89.66 
 
 		 118 bp  101  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0067  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0061  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0054  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0039  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 122 bp  85.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320086  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0006  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.545008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4293  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4357  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_r01  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r3  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 122 bp  85.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0359227  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0006  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 122 bp  85.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0060  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.136348  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0036  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.484974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0025  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.102792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0050  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00973992  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0059  5S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0040  5S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.498325 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0067  5S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.874894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0052  5S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.678773 
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SA  5S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 112 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SB  5S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 112 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.271264  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0023  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0311717 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0009  5S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 117 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0647002  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0025  5S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 117 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0315832  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0060  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0030  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0066  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.523517 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0009  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 123 bp  73.8  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0261857  hitchhiker  0.000595412 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0025  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 123 bp  73.8  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0074  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 123 bp  73.8  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.376676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032a  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 128 bp  73.8  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 123 bp  73.8  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.581266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0081  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 123 bp  73.8  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0015  5S ribosomal RNA  91.07 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc5SA  5S ribosomal RNA  92.16 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0313076  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc5SB  5S ribosomal RNA  92.16 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.729876  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 132 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 132 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0082  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0055  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.831714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0067  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.360556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0075  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00798302  normal  0.222372 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0006  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0364789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0022  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0010  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.780985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  63.9  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0024  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0052  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.100242  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0075  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 98 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0043  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  63.9  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.240203  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0031  5S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0059  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0022  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0011  5S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0075  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000486693  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0032  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0070  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.260067  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0039  5S ribosomal RNA  90.2 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0069  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0054  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0072  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0015  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 111 bp  61.9  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 111 bp  61.9  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0037  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.047404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0022  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0068  5S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00162838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0025  5S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0017  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0183737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0008  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 120 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0066  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 120 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SC  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5740  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5743  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-5s-3  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 119 bp  56  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-5s-4  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 119 bp  56  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000434423  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-5s-5  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 119 bp  56  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-5s-6  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 119 bp  56  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_4  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000269738  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_5  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_7  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_8  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>