205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0008 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0008  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  238  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0066  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  238  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0045  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 114 bp  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.490117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0061  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 114 bp  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0051  5S ribosomal RNA  97.12 
 
 		 115 bp  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.205109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0010  5S ribosomal RNA  97.09 
 
 		 114 bp  180  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.780985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0022  5S ribosomal RNA  97.09 
 
 		 114 bp  180  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S1  5S ribosomal RNA  92.66 
 
 		 123 bp  153  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.25658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S2  5S ribosomal RNA  92.66 
 
 		 123 bp  153  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.147903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0022  5S ribosomal RNA  91.59 
 
 		 115 bp  141  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0061  5S ribosomal RNA  91.59 
 
 		 115 bp  141  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0017  5S ribosomal RNA  91.59 
 
 		 115 bp  141  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6503  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 119 bp  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6506  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 119 bp  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4506  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 119 bp  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0037  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 114 bp  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.10728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0046  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 114 bp  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0058  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 114 bp  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4503  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 119 bp  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0017  5S ribosomal RNA  90.65 
 
 		 115 bp  133  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0183737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0040  5S ribosomal RNA  93.18 
 
 		 115 bp  127  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0050  23S ribosomal RNA  93.18 
 
 		 115 bp  127  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r01  5S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 126 bp  121  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r04  5S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 126 bp  121  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.596836  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0050  5S ribosomal RNA  89.52 
 
 		 118 bp  121  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  normal  0.069231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0058  5S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 114 bp  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0060  5S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 115 bp  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0036  5S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 114 bp  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0038  5S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 115 bp  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0045  5S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 114 bp  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.837643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0047  5S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 115 bp  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1017  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 123 bp  115  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1581  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 123 bp  115  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1789  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 123 bp  115  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.055936  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr01  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 119 bp  111  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0014  5S ribosomal RNA  89.77 
 
 		 114 bp  103  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0022  5S ribosomal RNA  89.77 
 
 		 114 bp  103  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0058  5S ribosomal RNA  89.77 
 
 		 114 bp  103  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0068  5S ribosomal RNA  89.77 
 
 		 114 bp  103  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0029  5S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 114 bp  91.7  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0039  5S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 114 bp  91.7  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0008  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0022  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0042  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0060  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0032  5S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 128 bp  81.8  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0044  5S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 128 bp  81.8  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.817177  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0019  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0011  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.412801 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0032  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0040  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0009  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0017  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0024  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0030  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.652911 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0038  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.717711  normal  0.0425336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0025  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.459339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0003  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  79.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0006  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  79.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0040  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.498325 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0052  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.678773 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0059  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0067  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 118 bp  77.8  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.874894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0262  5S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 119 bp  75.8  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1082  5S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 119 bp  75.8  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.769106  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0055  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0040  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.639807  normal  0.162751 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0025  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0049  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.814167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0009  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0059  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.554269 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0078  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0075  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342975  hitchhiker  0.00123002 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0017  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.323887 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0011  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0031  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0025  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0017  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0047  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0798933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0006  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 122 bp  71.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0039  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 122 bp  71.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320086  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r3  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 122 bp  71.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0359227  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0068  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00162838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4293  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4357  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_r01  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 118 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0006  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 118 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.545008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0054  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 118 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0061  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 118 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0067  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 118 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0021  5S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0039  5S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6010  5SrRNA  84.81 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.810803 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6017  5SrRNA  84.81 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0037  5S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219392 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0005  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0040  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.852672  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>