140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6506 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6503  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 119 bp  236  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4503  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 119 bp  236  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4506  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 119 bp  236  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6506  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 119 bp  236  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0047  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 115 bp  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0038  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 115 bp  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0060  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 115 bp  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0058  5S ribosomal RNA  95.61 
 
 		 114 bp  186  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0045  5S ribosomal RNA  95.61 
 
 		 114 bp  186  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.837643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0036  5S ribosomal RNA  95.61 
 
 		 114 bp  186  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0037  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 114 bp  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.10728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0046  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 114 bp  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0058  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 114 bp  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r01  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 126 bp  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r04  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 126 bp  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.596836  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr01  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 119 bp  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1017  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 123 bp  172  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1581  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 123 bp  172  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1789  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 123 bp  172  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.055936  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0040  5S ribosomal RNA  93.04 
 
 		 115 bp  165  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0050  23S ribosomal RNA  93.04 
 
 		 115 bp  165  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0014  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0022  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0058  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0068  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0008  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0066  5S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0051  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.205109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0010  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 114 bp  111  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.780985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0022  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 114 bp  111  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0045  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 114 bp  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.490117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0061  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 114 bp  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0008  5S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 115 bp  97.6  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0022  5S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 115 bp  97.6  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0042  5S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 115 bp  97.6  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0060  5S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 115 bp  97.6  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0262  5S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 119 bp  93.7  9e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1082  5S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 119 bp  93.7  9e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.769106  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0068  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00162838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0003  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0006  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0031  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0025  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0011  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0032  5S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 128 bp  83.8  0.000000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0044  5S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 128 bp  83.8  0.000000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.817177  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0055  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0551184  normal  0.899413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0007  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.146572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0022  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0061  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0017  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0029  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0039  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0040  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 118 bp  71.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.498325 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0052  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 118 bp  71.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.678773 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0059  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 118 bp  71.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0067  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 118 bp  71.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.874894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S1  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 123 bp  71.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.25658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S2  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 123 bp  71.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.147903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0020  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00562128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0052  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.903426  normal  0.0492547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4293  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4357  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_r01  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 118 bp  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0006  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 118 bp  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.545008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0054  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 118 bp  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0061  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 118 bp  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0067  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 118 bp  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0050  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 118 bp  65.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  normal  0.069231 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0017  5S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0183737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0009  5S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0049  5S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.814167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0059  5S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.554269 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0021  5S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0039  5S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  82.69 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  82.69 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0006  5S ribosomal RNA  83.75 
 
 		 122 bp  56  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0039  5S ribosomal RNA  83.75 
 
 		 122 bp  56  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320086  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r3  5S ribosomal RNA  83.75 
 
 		 122 bp  56  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0359227  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_002936  DET_De5S  5S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 123 bp  54  0.000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00210959  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0002  5S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 123 bp  54  0.000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000189718  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_55  5S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 118 bp  54  0.000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000747481  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0048  5S ribosomal RNA  96.67 
 
 		 118 bp  52  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0017  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0047  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0798933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6010  5SrRNA  90.24 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.810803 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6017  5SrRNA  90.24 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0017  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0004  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  48.1  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0053  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0034  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0007  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0060  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000527991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>