74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0054 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0036  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0012  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0055  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  224  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0037  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  224  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0011  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  224  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0023  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0311717 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0030  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0060  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0066  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.523517 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0081  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0074  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.376676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032a  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 128 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.581266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0025  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0009  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 123 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0261857  hitchhiker  0.000595412 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0075  5S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 98 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0052  5S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 114 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.100242  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0024  5S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 114 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0050  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.973161 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0030  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000331243  normal  0.673605 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0005  5S ribosomal RNA  91.49 
 
 		 64 bp  61.9  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0075  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000486693  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0072  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0015  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0034  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.808795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0012  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0078  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0077  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0068  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0067  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0054  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0160021  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0053  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0159173  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  88 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0033  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0032  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0031  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0020  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0019  5S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  88 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  88 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  88 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0063  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00852672  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0060  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0055  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0031  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0028  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000903183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0017  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00334647  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0005  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.493215  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0005  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0036  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0040  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.852672  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0013  5S ribosomal RNA  96.3 
 
 		 120 bp  46.1  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00403904 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0054  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 115 bp  46.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0106788 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  44.1  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  44.1  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0014  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 109 bp  44.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_R0001  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 110 bp  44.1  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.119355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0018  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 109 bp  44.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 114 bp  44.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0023  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 108 bp  44.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0026  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 108 bp  44.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0028  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 109 bp  44.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0004  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  44.1  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0028  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  44.1  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.348714  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_R0002  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 110 bp  44.1  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.84828  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>