More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0989 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0989  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
320 aa  638    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.137899 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3205  Holliday junction DNA helicase RuvB  87.7 
 
 
334 aa  574  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.182424 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2322  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.12 
 
 
321 aa  550  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.674048  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1267  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.81 
 
 
327 aa  538  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.330108  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3493  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.99 
 
 
324 aa  487  1e-136  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1745  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.12 
 
 
322 aa  482  1e-135  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.430959  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.44 
 
 
338 aa  424  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.48 
 
 
337 aa  423  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.16 
 
 
337 aa  424  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.9 
 
 
338 aa  424  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
338 aa  421  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.97 
 
 
338 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.23 
 
 
338 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.38 
 
 
357 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.38 
 
 
357 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  61.09 
 
 
336 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
336 aa  407  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
336 aa  408  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.7 
 
 
357 aa  407  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.02 
 
 
341 aa  408  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
336 aa  407  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  61.09 
 
 
336 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
336 aa  407  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
336 aa  407  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
336 aa  407  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.7 
 
 
352 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.34 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.83 
 
 
334 aa  406  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.57 
 
 
355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.1 
 
 
345 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.38 
 
 
336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2104  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.9 
 
 
334 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1213  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.02 
 
 
346 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.77 
 
 
345 aa  401  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.11 
 
 
336 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.79 
 
 
336 aa  403  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.73 
 
 
342 aa  404  1e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
363 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.77 
 
 
336 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.94 
 
 
345 aa  402  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.77 
 
 
336 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1820  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.58 
 
 
336 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0486722  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.77 
 
 
336 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.77 
 
 
336 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.77 
 
 
336 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.27 
 
 
339 aa  403  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
334 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.24 
 
 
337 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.34 
 
 
345 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.69 
 
 
337 aa  398  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1702  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.7 
 
 
346 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1645  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.7 
 
 
346 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.919299  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2637  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.82 
 
 
346 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
354 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.82 
 
 
336 aa  400  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
355 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1063  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
343 aa  398  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.24 
 
 
351 aa  398  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.51 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.15 
 
 
354 aa  394  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.41 
 
 
334 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0944  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
343 aa  395  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.29 
 
 
343 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.83 
 
 
354 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.79 
 
 
337 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3221  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.86 
 
 
346 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0270  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.26 
 
 
335 aa  395  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.84 
 
 
356 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0786  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.41 
 
 
348 aa  396  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.24 
 
 
334 aa  395  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3609  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.66 
 
 
347 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.11 
 
 
356 aa  392  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0418  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.54 
 
 
351 aa  391  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.6 
 
 
334 aa  391  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.47 
 
 
338 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.28 
 
 
334 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.9 
 
 
341 aa  392  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.28 
 
 
334 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.74 
 
 
353 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.43 
 
 
340 aa  392  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.94 
 
 
347 aa  391  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.5 
 
 
350 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267927  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4269  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.74 
 
 
348 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.812802  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1796  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  57.37 
 
 
341 aa  391  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000827733 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4803  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.41 
 
 
349 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
334 aa  392  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.2 
 
 
335 aa  393  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1756  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.54 
 
 
351 aa  391  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.523828  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0868  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.26 
 
 
350 aa  391  1e-108  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.281028  normal  0.0371389 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
334 aa  391  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.7 
 
 
353 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6906  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.41 
 
 
348 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.745573  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1292  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.06 
 
 
349 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.6 
 
 
334 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>