More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3493 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3493  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
324 aa  651    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2322  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.05 
 
 
321 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.674048  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3205  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.6 
 
 
334 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.182424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0989  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.99 
 
 
320 aa  487  1e-136  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.137899 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1745  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.83 
 
 
322 aa  471  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.430959  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1267  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.61 
 
 
327 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.330108  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.77 
 
 
338 aa  428  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.13 
 
 
338 aa  426  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.13 
 
 
337 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.13 
 
 
337 aa  426  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.65 
 
 
338 aa  422  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.48 
 
 
338 aa  419  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.58 
 
 
363 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.01 
 
 
339 aa  417  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.26 
 
 
357 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.3 
 
 
357 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.3 
 
 
357 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.3 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.52 
 
 
338 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.7 
 
 
334 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.7 
 
 
334 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.7 
 
 
334 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.41 
 
 
337 aa  408  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.32 
 
 
337 aa  408  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.76 
 
 
336 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
337 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.94 
 
 
334 aa  411  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.66 
 
 
352 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1213  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.4 
 
 
346 aa  408  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.7 
 
 
336 aa  408  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.38 
 
 
334 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.26 
 
 
334 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.94 
 
 
334 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.44 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.26 
 
 
334 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.09 
 
 
336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.09 
 
 
336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_004310  BR1702  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.75 
 
 
346 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.94 
 
 
334 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.09 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.66 
 
 
358 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1645  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.75 
 
 
346 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.919299  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.09 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.38 
 
 
351 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.02 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.09 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1883  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.74 
 
 
337 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.679092  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.87 
 
 
342 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.38 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
356 aa  404  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.65 
 
 
334 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
334 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.32 
 
 
334 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.47 
 
 
336 aa  402  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.15 
 
 
336 aa  401  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
334 aa  402  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0655  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.9 
 
 
356 aa  401  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.98 
 
 
341 aa  401  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3774  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.04 
 
 
356 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.26 
 
 
340 aa  402  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2696  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.23 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229917  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.94 
 
 
347 aa  401  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.63 
 
 
345 aa  402  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
334 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0205  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.9 
 
 
356 aa  401  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.61 
 
 
345 aa  401  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.65 
 
 
336 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0688  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.9 
 
 
356 aa  401  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
356 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.41 
 
 
345 aa  402  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.51 
 
 
334 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.1 
 
 
348 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.11 
 
 
356 aa  397  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2353  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.38 
 
 
341 aa  398  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0607  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
354 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.655719 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
338 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1247  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.09 
 
 
338 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1796  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  60.65 
 
 
341 aa  398  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000827733 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3401  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3366  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.1 
 
 
348 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 
335 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.42 
 
 
354 aa  398  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0266  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0581  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
355 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.44 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.47 
 
 
358 aa  394  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>