More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0278 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
98 aa  195  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  91.84 
 
 
98 aa  183  7e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  88.78 
 
 
98 aa  176  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  79.59 
 
 
98 aa  153  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0363  50S ribosomal protein L23  76.53 
 
 
98 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.674139  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1718  50S ribosomal protein L23  76.53 
 
 
98 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0786377  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2532  50S ribosomal protein L23  79.59 
 
 
98 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128178  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  73.12 
 
 
97 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  73.12 
 
 
97 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 
98 aa  129  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  69.39 
 
 
98 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  66.67 
 
 
96 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
97 aa  125  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
97 aa  125  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2816  50S ribosomal protein L23  65.98 
 
 
102 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.947427  normal  0.439693 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  69.89 
 
 
97 aa  125  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
97 aa  125  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1351  50S ribosomal protein L23  65.59 
 
 
104 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  68.82 
 
 
97 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 
98 aa  124  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  62.5 
 
 
104 aa  124  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  63.27 
 
 
98 aa  123  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1366  50S ribosomal protein L23  66.33 
 
 
98 aa  123  8.000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263915  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
97 aa  123  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  65.59 
 
 
99 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  64.95 
 
 
99 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  65.59 
 
 
99 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1547  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 
98 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 
98 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  65.59 
 
 
99 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 
98 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 
98 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  62.64 
 
 
111 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1681  50S ribosomal protein L23  63.92 
 
 
102 aa  118  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0570438  hitchhiker  0.0000115816 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 
98 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  60.82 
 
 
99 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  61.29 
 
 
97 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  61.29 
 
 
97 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1251  50S ribosomal protein L23  65.59 
 
 
100 aa  117  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.781143  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  61.54 
 
 
113 aa  115  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1356  ribosomal protein L25/L23  62.77 
 
 
103 aa  112  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.385939  normal  0.0499735 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0578  Ribosomal protein L25/L23  63.83 
 
 
102 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  58.24 
 
 
99 aa  99  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  58.43 
 
 
100 aa  92.8  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  58.43 
 
 
100 aa  92.8  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  52.04 
 
 
100 aa  92.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  50.57 
 
 
97 aa  90.9  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  51.14 
 
 
99 aa  90.5  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  57.47 
 
 
94 aa  90.1  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  52.04 
 
 
100 aa  90.1  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  58.62 
 
 
98 aa  89  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3642  50S ribosomal protein L23  56.47 
 
 
104 aa  87.8  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101067  hitchhiker  0.0000000000169859 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  55.81 
 
 
104 aa  87.8  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0316  50S ribosomal protein L23  56.47 
 
 
104 aa  87.8  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000511744  decreased coverage  0.00276856 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  53.85 
 
 
98 aa  87.8  5e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0278  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301066  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3744  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000010751  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2630  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225404  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3774  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518594  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3449  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000244074  normal  0.012759 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0329  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000104942  normal  0.0187974 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3167  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3480  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000357625  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3066  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000181446  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2757  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300049  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0251  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000396316  normal  0.0882759 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0269  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000217193  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3802  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00374922  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1926  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000597608  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0350  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  47.96 
 
 
101 aa  87  8e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  56.32 
 
 
100 aa  86.3  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000395002  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  49 
 
 
101 aa  85.5  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0340  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 
104 aa  85.1  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586276  hitchhiker  0.000885961 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  55.17 
 
 
97 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 
94 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0275  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
104 aa  83.6  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521502  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0280  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
104 aa  83.6  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00123621  hitchhiker  0.00000000748159 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  47.31 
 
 
98 aa  82.8  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0955  ribosomal protein L25/L23  54.95 
 
 
101 aa  82  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000594054  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  51.72 
 
 
94 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1852  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 
95 aa  82  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000651916  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  48.98 
 
 
100 aa  82  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0339  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 
95 aa  82  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000150967  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2020  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0160  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 
99 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  decreased coverage  0.0000412321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  50.57 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0710  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
95 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.58529  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4315  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000209174  unclonable  0.0000000000539649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000248684  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0423  50S ribosomal protein L23P  50 
 
 
98 aa  80.9  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0123777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108369  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 
100 aa  80.5  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4688  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000001343  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>