More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0761 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  100 
 
 		 98 aa  196  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  79.59 
 
 		 98 aa  153  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  76.53 
 
 		 98 aa  149  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  73.47 
 
 		 98 aa  143  7.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1718  50S ribosomal protein L23  75.51 
 
 		 98 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0786377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0363  50S ribosomal protein L23  75.51 
 
 		 98 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.674139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  68.37 
 
 		 98 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2532  50S ribosomal protein L23  78.57 
 
 		 98 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  67.35 
 
 		 98 aa  131  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2816  50S ribosomal protein L23  64.95 
 
 		 102 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.947427  normal  0.439693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1681  50S ribosomal protein L23  63.92 
 
 		 102 aa  125  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0570438  hitchhiker  0.0000115816 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  68.09 
 
 		 96 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  71.74 
 
 		 97 aa  125  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  68.48 
 
 		 97 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  68.48 
 
 		 97 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  68.48 
 
 		 97 aa  124  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1366  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 		 98 aa  124  6e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263915  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  61.86 
 
 		 99 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1351  50S ribosomal protein L23  66.3 
 
 		 104 aa  123  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  60.82 
 
 		 99 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  60.82 
 
 		 99 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  70.65 
 
 		 97 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  60.82 
 
 		 99 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 		 98 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  69.57 
 
 		 97 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  69.57 
 
 		 97 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1251  50S ribosomal protein L23  63.92 
 
 		 100 aa  121  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.781143  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  63.27 
 
 		 98 aa  120  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 		 98 aa  120  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  66.3 
 
 		 97 aa  120  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1547  50S ribosomal protein L23  59.18 
 
 		 98 aa  118  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  56.7 
 
 		 99 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0578  Ribosomal protein L25/L23  59.18 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1356  ribosomal protein L25/L23  63.04 
 
 		 103 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.385939  normal  0.0499735 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  60.44 
 
 		 111 aa  112  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  60.44 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  59.14 
 
 		 97 aa  110  6e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  59.14 
 
 		 97 aa  110  6e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  59.18 
 
 		 98 aa  110  8.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  60.44 
 
 		 104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  59.55 
 
 		 100 aa  94.7  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  59.55 
 
 		 100 aa  94.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 		 100 aa  90.5  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  56.32 
 
 		 98 aa  89  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  53.85 
 
 		 99 aa  87.8  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1926  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000597608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3802  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00374922  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3642  50S ribosomal protein L23  53.49 
 
 		 104 aa  85.9  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101067  hitchhiker  0.0000000000169859 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3744  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000010751  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2630  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225404  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0278  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301066  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  46.74 
 
 		 97 aa  86.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3480  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000357625  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3774  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518594  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3449  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000244074  normal  0.012759 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0329  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000104942  normal  0.0187974 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3066  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000181446  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0316  50S ribosomal protein L23  53.49 
 
 		 104 aa  85.9  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000511744  decreased coverage  0.00276856 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2757  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300049  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0269  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000217193  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0350  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3167  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145787  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0251  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000396316  normal  0.0882759 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  55.17 
 
 		 94 aa  85.9  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0423  50S ribosomal protein L23P  47.78 
 
 		 98 aa  85.5  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0123777  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 100 aa  85.1  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 		 98 aa  84.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0340  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 		 104 aa  85.1  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586276  hitchhiker  0.000885961 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  57.65 
 
 		 100 aa  84.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0758  50S ribosomal protein L23  47.92 
 
 		 99 aa  84.3  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156644  normal  0.0173378 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  52.33 
 
 		 104 aa  84  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  83.6  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0280  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 		 104 aa  83.6  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00123621  hitchhiker  0.00000000748159 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0275  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 		 104 aa  83.6  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521502  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  55.06 
 
 		 100 aa  83.6  8e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  83.6  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4911  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 111 aa  83.6  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000771327  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0339  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 		 95 aa  83.2  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000150967  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1852  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 		 95 aa  83.2  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000651916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0297  ribosomal L23 protein  48.24 
 
 		 98 aa  82.4  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000230523  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  46.59 
 
 		 94 aa  82.8  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1266  50S ribosomal protein L23  46.88 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000310284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  50.51 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  49.45 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  47.37 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 97 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2020  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 97 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  43.75 
 
 		 101 aa  81.6  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  45.05 
 
 		 96 aa  81.3  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3441  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 		 104 aa  81.3  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000520161  normal  0.334367 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0955  ribosomal protein L25/L23  50 
 
 		 101 aa  81.3  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000594054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>