118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0044 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0044  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.910228  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0021  tRNA-Trp  94.81 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000328782  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0011  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0055  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00911957  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1323  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000340383  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0052  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.208589  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1720  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000880409  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1463  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000838857  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1670  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00343188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0442  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00029121  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0054  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000606441  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0016  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000083767  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2190  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0146062  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2234  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0218563  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0016  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000757074  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0042  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101752  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0033  tRNA-Met  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0033  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000398886  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>