38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0510 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0510  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 		 172 aa  341  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4009  C4-dicarboxylate transport system  38.46 
 
 		 154 aa  85.1  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.115079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0860  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.2 
 
 		 174 aa  59.3  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.346513 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.04 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  32.03 
 
 		 628 aa  50.1  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  29.89 
 
 		 619 aa  49.7  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0822  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.01 
 
 		 628 aa  47.8  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  36.47 
 
 		 622 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2369  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40.54 
 
 		 628 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193075  normal  0.0167467 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2094  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40.54 
 
 		 628 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.386051  normal  0.0954493 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.78 
 
 		 164 aa  46.2  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0263  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.03 
 
 		 624 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3006  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.33 
 
 		 630 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4815  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  26.09 
 
 		 616 aa  45.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.961579  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0034  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  34.67 
 
 		 627 aa  45.1  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2569  carbohydrate kinase  25.79 
 
 		 373 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00777638  hitchhiker  0.0000000380765 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2685  TrapT dctQ-M fusion permease, dicarboxylate transport  40.98 
 
 		 627 aa  44.7  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3296  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.53 
 
 		 164 aa  44.3  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2721  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  39.34 
 
 		 627 aa  44.3  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.250068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6142  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  36 
 
 		 619 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5222  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  31.11 
 
 		 634 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1746  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.12 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.7 
 
 		 170 aa  43.5  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.325039 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1073  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.26 
 
 		 172 aa  42.4  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4386  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  33.78 
 
 		 628 aa  42.4  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.575529  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2741  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  33.78 
 
 		 626 aa  42  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.359375  normal  0.0328397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0270  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.04 
 
 		 203 aa  42  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5261  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  28.86 
 
 		 636 aa  42.4  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529931  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.67 
 
 		 193 aa  42.4  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7228  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.33 
 
 		 628 aa  41.6  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3120  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  39.34 
 
 		 627 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.525657  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1947  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.59 
 
 		 635 aa  41.6  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3644  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  25.58 
 
 		 620 aa  41.2  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.56 
 
 		 161 aa  41.2  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0439  TRAP dicarboxylate transporter, fused DctM (12TM) and DctQ (4TM) subunits  37.7 
 
 		 628 aa  40.8  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2121  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  32 
 
 		 620 aa  40.8  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1604  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  30.56 
 
 		 161 aa  40.8  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.078531  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3385  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.23 
 
 		 186 aa  40.8  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>