More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0035 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0035  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
204 aa  415  9.999999999999999e-116  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01770  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69.11 
 
 
201 aa  272  2.0000000000000002e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62 
 
 
206 aa  235  3e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.303566  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04220  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, formyltetrahydrofolate-dependent  57.87 
 
 
212 aa  225  3e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.16 
 
 
224 aa  179  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.96 
 
 
211 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.42 
 
 
205 aa  175  4e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.93 
 
 
218 aa  174  8e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.71 
 
 
203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.29 
 
 
206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.25 
 
 
194 aa  171  5e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43 
 
 
202 aa  171  6.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.93 
 
 
204 aa  170  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.41 
 
 
225 aa  168  6e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.92 
 
 
204 aa  168  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0272  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
195 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
195 aa  166  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0269  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
195 aa  166  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0297  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
195 aa  166  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.48 
 
 
225 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
195 aa  166  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0329  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
195 aa  166  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.07 
 
 
206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43 
 
 
225 aa  165  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.2 
 
 
225 aa  165  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0343  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.89 
 
 
195 aa  165  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0326  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.89 
 
 
195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0278  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.89 
 
 
195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4977  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.89 
 
 
195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.7 
 
 
206 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0253  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.5 
 
 
229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.29 
 
 
202 aa  162  3e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1523  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.81 
 
 
202 aa  161  6e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.81 
 
 
205 aa  161  6e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.24 
 
 
216 aa  160  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2182  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.49 
 
 
207 aa  159  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.42 
 
 
206 aa  159  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0564  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.83 
 
 
218 aa  158  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.513649  normal  0.0898016 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1138  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.2 
 
 
210 aa  157  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1872  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.71 
 
 
222 aa  157  9e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1164  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.78 
 
 
188 aa  156  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000485336 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.5 
 
 
206 aa  156  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1417  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.56 
 
 
205 aa  156  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000602325  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43 
 
 
205 aa  155  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1088  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.2 
 
 
187 aa  155  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.267053  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2769  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.5 
 
 
227 aa  155  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1446  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.22 
 
 
218 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.09 
 
 
205 aa  154  7e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1247  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.35 
 
 
209 aa  154  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000481744  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2835  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38 
 
 
224 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1130  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.98 
 
 
195 aa  154  1e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00861334  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0659  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.5 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.48364 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.88 
 
 
217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.62 
 
 
222 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0276  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.48 
 
 
195 aa  152  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2513  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.71 
 
 
230 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.2 
 
 
214 aa  152  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41 
 
 
214 aa  150  8.999999999999999e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.58 
 
 
208 aa  150  8.999999999999999e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0758  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.81 
 
 
200 aa  149  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.19 
 
 
202 aa  149  3e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1281  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.41 
 
 
195 aa  149  3e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.46 
 
 
222 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.25 
 
 
225 aa  147  8e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04960  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43 
 
 
205 aa  147  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4633  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.89 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.614886  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1486  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.09 
 
 
206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000112239  hitchhiker  0.00320062 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.3 
 
 
220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0383  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.65 
 
 
202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3996  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.62 
 
 
198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00211251  normal  0.148956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.7 
 
 
222 aa  145  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0478  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.9 
 
 
212 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.14 
 
 
213 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0676  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.14 
 
 
204 aa  144  6e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0674  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.14 
 
 
204 aa  145  6e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
222 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4216  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.59 
 
 
217 aa  144  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.298326  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1890  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.13 
 
 
213 aa  144  1e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.505321 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04480  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.41 
 
 
187 aa  144  1e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.69 
 
 
313 aa  143  2e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1247  putative phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.72 
 
 
206 aa  142  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.378039  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.61 
 
 
223 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.44 
 
 
196 aa  142  3e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000428099  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1657  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.93 
 
 
221 aa  142  3e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.11 
 
 
215 aa  142  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1407  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.5 
 
 
202 aa  142  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.88 
 
 
216 aa  141  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28120  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.19 
 
 
228 aa  141  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.5 
 
 
219 aa  141  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0524  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.95 
 
 
204 aa  141  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  35.82 
 
 
214 aa  141  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2448  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.68 
 
 
222 aa  141  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.325008  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.8 
 
 
200 aa  140  9e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.27 
 
 
212 aa  140  9e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38 
 
 
215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1129  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.77 
 
 
214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.462935 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.55 
 
 
217 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.46 
 
 
220 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1102  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.77 
 
 
214 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0264  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.5 
 
 
215 aa  139  3e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>