More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0253 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0253  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
229 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.94 
 
 
218 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.47 
 
 
225 aa  227  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.96 
 
 
206 aa  224  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2835  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.33 
 
 
224 aa  222  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.47 
 
 
206 aa  220  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.56 
 
 
224 aa  217  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.49 
 
 
206 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2448  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.53 
 
 
222 aa  215  5e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.325008  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2769  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.33 
 
 
227 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
206 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
204 aa  211  7e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
204 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.78 
 
 
205 aa  210  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.53 
 
 
225 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
203 aa  209  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.53 
 
 
225 aa  208  5e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.53 
 
 
206 aa  208  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.79 
 
 
222 aa  207  7e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
202 aa  207  9e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.53 
 
 
225 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.52 
 
 
220 aa  205  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.83 
 
 
216 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.02 
 
 
211 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.78 
 
 
214 aa  201  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.23 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
227 aa  198  5e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.08 
 
 
222 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.46 
 
 
213 aa  198  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.5 
 
 
205 aa  198  7e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
202 aa  196  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.5 
 
 
216 aa  194  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.98 
 
 
208 aa  194  9e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
222 aa  194  9e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2513  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.51 
 
 
230 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114714 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.05 
 
 
223 aa  192  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.24 
 
 
202 aa  192  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.76 
 
 
216 aa  191  7e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.04 
 
 
249 aa  191  9e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.45 
 
 
220 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.03 
 
 
222 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
220 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
220 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.45 
 
 
220 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
220 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.83 
 
 
217 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.45 
 
 
220 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.47 
 
 
209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
220 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.83 
 
 
217 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.94 
 
 
220 aa  187  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.25 
 
 
221 aa  187  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.34 
 
 
217 aa  187  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
215 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.68 
 
 
209 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.21 
 
 
200 aa  187  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.5 
 
 
218 aa  187  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.34 
 
 
217 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.57 
 
 
226 aa  186  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.81 
 
 
216 aa  185  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1486  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.45 
 
 
206 aa  185  5e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000112239  hitchhiker  0.00320062 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.47 
 
 
216 aa  185  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.58 
 
 
212 aa  185  6e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
217 aa  185  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
219 aa  184  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42 
 
 
313 aa  184  9e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.83 
 
 
206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.303566  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.54 
 
 
221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.22 
 
 
214 aa  182  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.22 
 
 
209 aa  182  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.27 
 
 
216 aa  181  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.93 
 
 
219 aa  181  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.18 
 
 
212 aa  181  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.21 
 
 
219 aa  181  6e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.9 
 
 
205 aa  181  7e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
224 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04220  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, formyltetrahydrofolate-dependent  45.36 
 
 
212 aa  181  1e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
214 aa  181  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46 
 
 
216 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.69 
 
 
219 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
245 aa  180  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.36 
 
 
215 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.19 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.1 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.2 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.19 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.19 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
212 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.71 
 
 
212 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
212 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.71 
 
 
212 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.71 
 
 
212 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
212 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
212 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  42.21 
 
 
212 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
212 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.48 
 
 
220 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.71 
 
 
212 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.21 
 
 
212 aa  178  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>