83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2959 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2959  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 160 aa  323  9e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.248983  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3032  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 159 aa  320  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0731072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  99.37 
 
 		 159 aa  320  6e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.2054  normal  0.111981 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1182  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 163 aa  248  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2868  cold-shock DNA-binding domain protein  64.33 
 
 		 160 aa  210  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1462  cold-shock DNA-binding domain protein  64.33 
 
 		 160 aa  207  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.56 
 
 		 161 aa  202  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 305 aa  50.4  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 67 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 		 204 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5582  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 193 aa  45.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  45.1  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 		 66 aa  45.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 70 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.51 
 
 		 188 aa  44.7  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.94 
 
 		 69 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  35.94 
 
 		 69 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  38.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.0009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  40.62 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  40 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  42.19 
 
 		 63 aa  43.5  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  41.38 
 
 		 61 aa  43.5  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.29 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  38.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  41.79 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  37.1 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  37.1 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.1 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  34.85 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1732  cold shock domain-contain protein  29.23 
 
 		 224 aa  42.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0023  cold shock protein  37.31 
 
 		 68 aa  43.1  0.002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  37.5 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.48 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.67 
 
 		 66 aa  42.4  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  36.07 
 
 		 165 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.91 
 
 		 67 aa  42.4  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 66 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  36.36 
 
 		 66 aa  42  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  36.67 
 
 		 66 aa  42  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  36.67 
 
 		 66 aa  42  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 70 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.36 
 
 		 68 aa  42  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 66 aa  41.6  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  36.67 
 
 		 66 aa  41.6  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 65 aa  41.2  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 		 67 aa  41.2  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.7 
 
 		 67 aa  41.2  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 68 aa  41.2  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  35.48 
 
 		 70 aa  41.2  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.94 
 
 		 65 aa  41.2  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 136 aa  40.8  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.33 
 
 		 66 aa  40.8  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  36.67 
 
 		 66 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  39.66 
 
 		 70 aa  40.8  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  34.38 
 
 		 68 aa  40.8  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.88 
 
 		 67 aa  40.8  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  34.38 
 
 		 68 aa  40.8  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  36.84 
 
 		 69 aa  40.4  0.009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.85 
 
 		 66 aa  40.4  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0636  cold shock DNA-binding domain-containing protein  27.19 
 
 		 246 aa  40.8  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 		 67 aa  40.4  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0117  cold-shock DNA-binding domain protein  34.72 
 
 		 76 aa  40.4  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3013  cold-shock DNA-binding domain protein  35.59 
 
 		 65 aa  40.4  0.01  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000213425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>