28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5916 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5916  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 87 aa  175  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  62.35 
 
 		 87 aa  103  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 85 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.88 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 82 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5270  putative XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 101 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.365814 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  32.88 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3847  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3808  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 80 aa  47.4  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0020912  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0496  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 103 aa  47  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3754  helix-turn-helix domain protein  46.27 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  45.31 
 
 		 84 aa  45.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  29.33 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  29.33 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  29.33 
 
 		 93 aa  44.7  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0367  XRE family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 93 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 825 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0567  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4902  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.173853  normal  0.0865423 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1274  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.329441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4032  helix-turn-helix domain protein  27.03 
 
 		 83 aa  41.6  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.964235  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 171 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 168 aa  40.4  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  36.76 
 
 		 465 aa  40  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>