More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3563 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3563  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 157 aa  323  6e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1657  putative transcriptional regulator  73.23 
 
 		 159 aa  191  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00996367  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  67.39 
 
 		 151 aa  191  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  67.39 
 
 		 151 aa  191  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1336  MerR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 146 aa  189  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.200551  normal  0.195494 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2633  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  60.26 
 
 		 162 aa  181  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46190  cadmium responsive transcriptional regulator, merR family  62.59 
 
 		 152 aa  177  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.719382  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 147 aa  167  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 147 aa  167  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 147 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 147 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  56.08 
 
 		 148 aa  165  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  54.73 
 
 		 148 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  60.63 
 
 		 132 aa  160  4.0000000000000004e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 150 aa  160  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2149  transcriptional regulator, MerR family  57.14 
 
 		 132 aa  158  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.705718  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  55.41 
 
 		 156 aa  157  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  56.93 
 
 		 143 aa  157  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4438  MerR family transcriptional regulator  56.2 
 
 		 143 aa  156  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  54.73 
 
 		 156 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0137  MerR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 143 aa  154  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0122  MerR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 143 aa  152  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0123  MerR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 143 aa  153  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0113  MerR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 143 aa  152  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2932  MerR family transcriptional regulator  55.8 
 
 		 143 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327003  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0123  MerR family transcriptional regulator  55.8 
 
 		 143 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.169164  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  55.64 
 
 		 132 aa  151  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2302  MerR family transcriptional regulator  55.64 
 
 		 132 aa  151  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000169784  hitchhiker  0.000117286 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 144 aa  150  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3303  MerR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 143 aa  150  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1816  transcriptional regulator, MerR family  52.11 
 
 		 144 aa  148  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.228936 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3291  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  54.41 
 
 		 143 aa  147  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  56.69 
 
 		 186 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3947  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  54.41 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2975  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.501139  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4020  transcriptional regulator CadR  54.41 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0151  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  54.41 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636208  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3037  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1564  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3334  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  51.77 
 
 		 145 aa  144  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3461  transcriptional regulator, MerR family protein  55.91 
 
 		 146 aa  145  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4323  MerR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 146 aa  145  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1346  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 136 aa  144  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  53.1 
 
 		 143 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  54.2 
 
 		 144 aa  143  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1241  MerR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 144 aa  143  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5283  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 143 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 134 aa  142  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1642  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 143 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3108  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 154 aa  142  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.798682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3444  transcriptional regulator, MerR family  51.72 
 
 		 144 aa  141  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0545873  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3731  transcriptional regulator, MerR family  48.53 
 
 		 160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4808  transcriptional regulator, MerR family  48.53 
 
 		 160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.820733 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0230  MerR family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 154 aa  137  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1973  MerR family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 154 aa  137  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05447  transcription regulator protein  50.39 
 
 		 170 aa  136  8.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.015587 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1851  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 162 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.138506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4158  MerR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 135 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.144769 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0853  MerR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 146 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0478  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 146 aa  133  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 175 aa  131  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02024  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  44.36 
 
 		 138 aa  129  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1407  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 134 aa  128  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 135 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1402  MerR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87391  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 135 aa  122  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1103  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0882  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.656142 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0894  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  120  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0220  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  120  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0194  MerR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 135 aa  120  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0470  putative transcriptional regulator, MerR family  45.97 
 
 		 133 aa  120  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 137 aa  120  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3299  MerR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2916  MerR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 154 aa  117  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221684  normal  0.314176 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0831  MerR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  44.53 
 
 		 133 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3456  MerR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 149 aa  114  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2421  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  45.27 
 
 		 158 aa  113  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.732276  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2051  transcriptional regulator, MerR family  45.27 
 
 		 158 aa  113  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0693  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 153 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  43.8 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2024  MerR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  45.31 
 
 		 133 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1816  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 154 aa  107  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0245036  normal  0.855302 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  41.61 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  41.61 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  41.61 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2593  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 152 aa  104  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0365897  normal  0.180328 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  40.88 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1215  transcriptional regulator, MerR family  40.91 
 
 		 152 aa  105  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>