299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_r01 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00002  23S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 2906 bp  2833    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0715857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00005  23S ribosomal RNA  88.62 
 
 		 2906 bp  2868    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00009  23S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 2908 bp  2833    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578122  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00012  23S ribosomal RNA  88.62 
 
 		 2906 bp  2868    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  88.32 
 
 		 2904 bp  2799    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00018  23S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 2908 bp  2833    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.949857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00021  23S ribosomal RNA  88.62 
 
 		 2906 bp  2868    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.274337  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0006  23S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 2902 bp  2823    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0029  23S ribosomal RNA  88.54 
 
 		 2902 bp  2847    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0205529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0075  23S ribosomal RNA  88.32 
 
 		 2902 bp  2799    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.704928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0088  23S ribosomal RNA  88.54 
 
 		 2902 bp  2847    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0096  23S ribosomal RNA  88.62 
 
 		 2902 bp  2863    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0100  23S ribosomal RNA  88.62 
 
 		 2903 bp  2861    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0111  23S ribosomal RNA  88.32 
 
 		 2902 bp  2799    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2902 bp  2177    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2902 bp  2177    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 2902 bp  2157    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 2902 bp  2169    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 2902 bp  2169    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2902 bp  2177    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 2902 bp  2169    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0037  23S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 2894 bp  2833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0046  23S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 2894 bp  2833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0052  23S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 2894 bp  2833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0342  23S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 2894 bp  2817    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0348  23S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 2894 bp  2817    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0559  23S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 2894 bp  2833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0565  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2894 bp  2825    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1611  23S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 2894 bp  2849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3904  23S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 2894 bp  2817    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  88.26 
 
 		 2894 bp  2991    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  85.77 
 
 		 2903 bp  2238    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  85.77 
 
 		 2903 bp  2238    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  85.77 
 
 		 2903 bp  2238    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 2903 bp  2246    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  85.77 
 
 		 2903 bp  2238    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  85.69 
 
 		 2903 bp  2222    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 2903 bp  2230    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 2903 bp  2230    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  85.69 
 
 		 2903 bp  2222    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  85.77 
 
 		 2903 bp  2238    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 		 2892 bp  2244    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 		 2892 bp  2244    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 		 2892 bp  2244    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 		 2892 bp  2244    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 		 2892 bp  2244    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 		 2892 bp  2244    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 2885 bp  2948    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 2885 bp  2948    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 2885 bp  2948    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 2885 bp  2948    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 2885 bp  2948    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 2898 bp  2010    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 2898 bp  2010    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 2891 bp  2220    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 2891 bp  2220    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 2891 bp  2220    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  89.9 
 
 		 2892 bp  3096    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  90.01 
 
 		 2892 bp  3120    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0016  23S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 2892 bp  3112    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 2892 bp  3081    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0044  23S ribosomal RNA  89.93 
 
 		 2892 bp  3104    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0756824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0060  23S ribosomal RNA  90.01 
 
 		 2892 bp  3120    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.799594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0090  23S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 2892 bp  3112    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0102  23S ribosomal RNA  89.93 
 
 		 2892 bp  3104    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0105  23S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 2892 bp  3112    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0168688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0109  23S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 2892 bp  3112    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147654 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2900 bp  2537    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 2900 bp  2561    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  87.19 
 
 		 2900 bp  2553    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0082  23S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 2893 bp  3184    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0103  23S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 2893 bp  3184    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0608054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0009  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 		 2913 bp  2750    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0580735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0022  23S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 2912 bp  2763    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.572813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0066  23S ribosomal RNA  89.07 
 
 		 2912 bp  2771    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.668568  normal  0.018596 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0086  23S ribosomal RNA  89.07 
 
 		 2912 bp  2771    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306837  normal  0.172652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0090  23S ribosomal RNA  89.07 
 
 		 2912 bp  2771    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00318413 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0101  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 		 2913 bp  2750    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.683549  decreased coverage  0.00714849 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0106  23S ribosomal RNA  89.07 
 
 		 2912 bp  2771    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.643349  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0002  23S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 2893 bp  2968    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.959463  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0006  23S ribosomal RNA  88.25 
 
 		 2893 bp  2991    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.232141  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0012  23S ribosomal RNA  88.25 
 
 		 2893 bp  2991    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0815988  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0022  23S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 2893 bp  2966    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0065  23S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 2893 bp  2968    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.492717  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0112  23S ribosomal RNA  88.13 
 
 		 2893 bp  2974    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0122  23S ribosomal RNA  88.11 
 
 		 2893 bp  2960    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0129  23S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 2893 bp  2968    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0245  23S ribosomal RNA  94.71 
 
 		 2889 bp  4492    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.155375  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2072  23S ribosomal RNA  94.71 
 
 		 2887 bp  4486    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.470715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2326  23S ribosomal RNA  94.64 
 
 		 2889 bp  4476    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2335  23S ribosomal RNA  94.71 
 
 		 2889 bp  4492    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000128032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2457  23S ribosomal RNA  94.64 
 
 		 2889 bp  4476    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2546  23S ribosomal RNA  94.64 
 
 		 2889 bp  4476    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.484433  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2711  23S ribosomal RNA  94.71 
 
 		 2889 bp  4492    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0116146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2804  23S ribosomal RNA  94.61 
 
 		 2889 bp  4468    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0566286  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0002  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2903 bp  2153    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411736  normal  0.431091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0012  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2903 bp  2153    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0971476  normal  0.0146095 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0019  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2903 bp  2153    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.78193  normal  0.342562 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0034  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2903 bp  2153    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0185902  normal  0.779446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0061  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2905 bp  2153    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.6785  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>