49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3572 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3572  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like  100 
 
 		 357 aa  725    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0154888  normal  0.0251545 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3366  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  50.71 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.424876  normal  0.320471 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2390  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  44.97 
 
 		 373 aa  301  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.951238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2234  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  41 
 
 		 377 aa  278  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1074  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30.61 
 
 		 358 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  27.54 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0492  transport protein  23.72 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.42 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 370 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.99 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 340 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 376 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 376 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 376 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  26.21 
 
 		 351 aa  54.7  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.92 
 
 		 348 aa  53.9  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.68 
 
 		 359 aa  52.8  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.89 
 
 		 349 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.89 
 
 		 349 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.85 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  20.64 
 
 		 363 aa  48.9  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.03 
 
 		 350 aa  49.3  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.07 
 
 		 355 aa  48.9  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.6 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.77 
 
 		 369 aa  48.1  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.57 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.57 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.55 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.57 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.57 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.55 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.07 
 
 		 363 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 358 aa  47.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.44 
 
 		 375 aa  47.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 374 aa  47  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 349 aa  47  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.29 
 
 		 349 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 359 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 359 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 374 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  22.84 
 
 		 362 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1359  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 338 aa  43.9  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 		 341 aa  43.9  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.51 
 
 		 363 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4497  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 353 aa  42.7  0.009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>