More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2682 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  100 
 
 		 106 aa  216  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  79.25 
 
 		 106 aa  174  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1996  thioredoxin  69.81 
 
 		 106 aa  160  7e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  68.27 
 
 		 108 aa  155  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  64.08 
 
 		 104 aa  150  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  65.09 
 
 		 106 aa  148  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  62.75 
 
 		 111 aa  147  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  61.32 
 
 		 106 aa  146  8e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  64.08 
 
 		 108 aa  146  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  64.08 
 
 		 108 aa  146  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  64.08 
 
 		 108 aa  146  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  64.08 
 
 		 108 aa  146  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  64.08 
 
 		 108 aa  146  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  64.08 
 
 		 108 aa  146  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  64.08 
 
 		 108 aa  146  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  61.32 
 
 		 106 aa  145  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  62.5 
 
 		 108 aa  145  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  61.17 
 
 		 108 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  144  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  144  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  63.11 
 
 		 146 aa  143  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  61.17 
 
 		 108 aa  143  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  62.14 
 
 		 108 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  62.14 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  60.19 
 
 		 108 aa  141  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  60.4 
 
 		 108 aa  141  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1283  thioredoxin 1  60.19 
 
 		 109 aa  141  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149215  normal  0.0874847 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  60.4 
 
 		 108 aa  141  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  61.39 
 
 		 108 aa  140  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  60.4 
 
 		 108 aa  140  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  60.4 
 
 		 108 aa  140  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  60.4 
 
 		 108 aa  140  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  60.4 
 
 		 108 aa  140  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1825  thioredoxin  60.19 
 
 		 108 aa  140  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0606148  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2362  thioredoxin  60.19 
 
 		 108 aa  140  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0224789  normal  0.140308 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0950  thioredoxin  60.19 
 
 		 108 aa  140  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.263431  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  63.27 
 
 		 108 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  60.19 
 
 		 108 aa  140  8e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  58.25 
 
 		 108 aa  139  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  63 
 
 		 108 aa  139  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  58.49 
 
 		 106 aa  138  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5243  thioredoxin  61.17 
 
 		 109 aa  138  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000771604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000515955  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  60.78 
 
 		 108 aa  137  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000236523  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  63.37 
 
 		 109 aa  137  7e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  137  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  0.0000724164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  58.82 
 
 		 107 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  136  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  60.4 
 
 		 109 aa  136  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3003  hypothetical protein  59.22 
 
 		 108 aa  136  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2864  hypothetical protein  59.22 
 
 		 108 aa  136  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  59.22 
 
 		 109 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  57.28 
 
 		 133 aa  136  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  62.38 
 
 		 108 aa  135  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  56.6 
 
 		 107 aa  136  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  60.19 
 
 		 108 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  60.4 
 
 		 108 aa  135  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5215  thioredoxin  59.22 
 
 		 109 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  60.78 
 
 		 116 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5457  thioredoxin  58.25 
 
 		 109 aa  135  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0195643 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5124  thioredoxin  59.22 
 
 		 109 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2847  thioredoxin  57.28 
 
 		 106 aa  135  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.300873 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  55.34 
 
 		 109 aa  135  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  55.34 
 
 		 107 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  59 
 
 		 108 aa  134  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  59.41 
 
 		 108 aa  134  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  54.81 
 
 		 107 aa  134  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  134  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  61.39 
 
 		 108 aa  134  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  56.31 
 
 		 110 aa  134  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  55.34 
 
 		 107 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  59.41 
 
 		 108 aa  134  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  55.66 
 
 		 106 aa  134  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  55.66 
 
 		 106 aa  134  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0156  thioredoxin  61.39 
 
 		 108 aa  133  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  56.31 
 
 		 110 aa  133  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>