More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5124 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5215  thioredoxin  100 
 
 
109 aa  225  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5124  thioredoxin  100 
 
 
109 aa  225  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5457  thioredoxin  94.5 
 
 
109 aa  216  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0195643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  93.58 
 
 
109 aa  215  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5243  thioredoxin  92.66 
 
 
109 aa  213  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  95.33 
 
 
108 aa  213  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  83.33 
 
 
116 aa  194  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  79.44 
 
 
108 aa  186  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  80.37 
 
 
108 aa  185  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  81.31 
 
 
108 aa  184  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5983  thioredoxin  81.31 
 
 
108 aa  183  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  73.39 
 
 
110 aa  181  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  73.39 
 
 
110 aa  181  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  70.64 
 
 
110 aa  179  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2639  thioredoxin  70.64 
 
 
110 aa  178  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0886828  hitchhiker  0.00590655 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  70.64 
 
 
133 aa  177  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  71.56 
 
 
110 aa  177  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  70.64 
 
 
109 aa  177  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  69.72 
 
 
110 aa  175  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3080  thioredoxin  73.83 
 
 
108 aa  174  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  73.83 
 
 
108 aa  174  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4905  thioredoxin  70.64 
 
 
110 aa  174  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  75.23 
 
 
108 aa  174  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  75.7 
 
 
108 aa  173  6e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  74.31 
 
 
109 aa  173  8e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1283  thioredoxin 1  70.64 
 
 
109 aa  170  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149215  normal  0.0874847 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000771604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000515955  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  71.03 
 
 
146 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  69.16 
 
 
108 aa  169  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000876713  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  73.83 
 
 
108 aa  169  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  73.83 
 
 
109 aa  169  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000236523  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  71.57 
 
 
107 aa  167  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  70.09 
 
 
146 aa  168  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  69.16 
 
 
112 aa  167  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  72.9 
 
 
108 aa  167  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  71.96 
 
 
108 aa  167  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  71.96 
 
 
108 aa  167  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  71.96 
 
 
108 aa  167  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  72.28 
 
 
110 aa  167  6e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  72.9 
 
 
109 aa  167  6e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  166  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  69.16 
 
 
108 aa  166  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  166  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0368  thioredoxin  71.96 
 
 
108 aa  166  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.27502 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  164  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  69.16 
 
 
108 aa  164  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  70.09 
 
 
108 aa  164  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0646  thioredoxin  65.14 
 
 
111 aa  164  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.755097  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  68.22 
 
 
108 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0036  thioredoxin  68.22 
 
 
108 aa  163  8e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0705575 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  71.96 
 
 
108 aa  163  9e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  162  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  162  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  67.29 
 
 
108 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  70.09 
 
 
108 aa  161  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1825  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0606148  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2362  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0224789  normal  0.140308 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  69.16 
 
 
108 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  71.03 
 
 
108 aa  161  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0950  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  161  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.263431  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  69.16 
 
 
108 aa  160  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  69.16 
 
 
108 aa  160  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  65.42 
 
 
108 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  65.42 
 
 
108 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  65.42 
 
 
108 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  65.42 
 
 
108 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  64.49 
 
 
108 aa  159  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  159  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  66.36 
 
 
108 aa  159  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  159  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  67.29 
 
 
108 aa  159  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>