41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3920 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  100 
 
 		 246 aa  511  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  56.67 
 
 		 257 aa  288  7e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  50.67 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  31.28 
 
 		 285 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 285 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 286 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 286 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  32.9 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 270 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 285 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  33.48 
 
 		 229 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.22 
 
 		 2213 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 260 aa  92  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  29.26 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  28.38 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  28.82 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  29 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  28.82 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.86 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  28.11 
 
 		 322 aa  72  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  30.36 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  24.89 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  28.43 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.12 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  26.05 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3267  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  25.69 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  22.54 
 
 		 263 aa  50.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  22.59 
 
 		 264 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  23.2 
 
 		 262 aa  45.4  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  22.59 
 
 		 264 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  23.01 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  24.03 
 
 		 247 aa  43.9  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  23.85 
 
 		 714 aa  43.5  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2369  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  24.66 
 
 		 233 aa  43.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  22.17 
 
 		 272 aa  42.4  0.008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  22.36 
 
 		 264 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>