45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2047 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  100 
 
 		 171 aa  338  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  72.67 
 
 		 202 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  65.45 
 
 		 198 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  68.32 
 
 		 198 aa  218  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  61.63 
 
 		 200 aa  217  5e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  65.24 
 
 		 188 aa  217  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  65.64 
 
 		 204 aa  216  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  66.87 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  67.68 
 
 		 198 aa  216  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  65.64 
 
 		 201 aa  216  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  67.68 
 
 		 198 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  65.84 
 
 		 205 aa  214  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  65.64 
 
 		 204 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  64.24 
 
 		 194 aa  192  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  61.94 
 
 		 218 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  60.51 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  58.9 
 
 		 205 aa  157  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  48.77 
 
 		 194 aa  152  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  44.38 
 
 		 162 aa  126  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  44.72 
 
 		 206 aa  124  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  43.59 
 
 		 186 aa  123  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  44.97 
 
 		 183 aa  123  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  45.45 
 
 		 186 aa  122  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  50 
 
 		 183 aa  122  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  43.23 
 
 		 195 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  36.94 
 
 		 187 aa  77.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  38.57 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  37.13 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  29.38 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  28.07 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  30.12 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  29.09 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  33.72 
 
 		 220 aa  49.7  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  30.32 
 
 		 286 aa  48.5  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 204 aa  48.5  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  31.08 
 
 		 242 aa  47.4  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  28.3 
 
 		 198 aa  46.6  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  26.35 
 
 		 205 aa  44.7  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  35.63 
 
 		 579 aa  44.3  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 287 aa  43.9  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  31.46 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  26.79 
 
 		 292 aa  43.5  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 279 aa  42.7  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  28.66 
 
 		 224 aa  42  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 190 aa  40.8  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>