81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_30640 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0010  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0061  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0051  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.23821 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27110  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0058  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0060  tRNA-Arg  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0008  tRNA-Arg  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1373  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000017681 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0019  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0020  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.213818  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0002  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0034  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.443349 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t05  tRNA-Arg  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0057  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.194543  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0053  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.30391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>