61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0852 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 214 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  70.56 
 
 		 222 aa  312  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  68.69 
 
 		 214 aa  307  6.999999999999999e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  64.49 
 
 		 223 aa  293  1e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  63.08 
 
 		 218 aa  286  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.26 
 
 		 222 aa  287  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.42 
 
 		 221 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  64.95 
 
 		 221 aa  285  5e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  64.95 
 
 		 221 aa  285  5e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  64.95 
 
 		 221 aa  284  7e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  61.03 
 
 		 220 aa  270  1e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  61.5 
 
 		 218 aa  270  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  55.61 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  54.38 
 
 		 220 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  52.09 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.53 
 
 		 239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.07 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.58 
 
 		 212 aa  183  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.11 
 
 		 236 aa  173  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.59 
 
 		 228 aa  165  5e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.59 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.67 
 
 		 222 aa  141  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.79 
 
 		 232 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  38.79 
 
 		 219 aa  139  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.89 
 
 		 222 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.41 
 
 		 234 aa  138  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.09 
 
 		 222 aa  138  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.32 
 
 		 222 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.85 
 
 		 244 aa  135  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  38.43 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.71 
 
 		 222 aa  131  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 230 aa  131  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  39.91 
 
 		 223 aa  131  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  37.56 
 
 		 230 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.7 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.46 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.88 
 
 		 241 aa  121  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  39.13 
 
 		 192 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  36.79 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.22 
 
 		 235 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  37.85 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  39.72 
 
 		 150 aa  88.2  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.15 
 
 		 117 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  46.03 
 
 		 114 aa  61.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.74 
 
 		 117 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.29 
 
 		 136 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  29.41 
 
 		 132 aa  51.2  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2856  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.19 
 
 		 157 aa  45.4  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.346504  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0619  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.52 
 
 		 140 aa  45.4  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.37 
 
 		 231 aa  45.1  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.03 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.66 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4364  hypothetical protein  34.34 
 
 		 116 aa  43.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4294  cupin 2 domain-containing protein  31.5 
 
 		 129 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373315  normal  0.351729 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3185  cupin 2 domain-containing protein  31.5 
 
 		 129 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4975  cupin 2, barrel  31.5 
 
 		 129 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254232  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0637  hypothetical protein  35.06 
 
 		 123 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0659  hypothetical protein  35.06 
 
 		 123 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0490503  normal  0.219182 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4237  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.53 
 
 		 278 aa  42.4  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0635391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.53 
 
 		 262 aa  42  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01678  putative transmembrane protein  26.51 
 
 		 127 aa  41.6  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>