More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0321 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0321  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 		 217 aa  447  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3834  GTP cyclohydrolase I  92.13 
 
 		 216 aa  401  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4254  GTP cyclohydrolase I  90.28 
 
 		 216 aa  390  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0372  GTP cyclohydrolase I  89.81 
 
 		 216 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0397  GTP cyclohydrolase I  89.81 
 
 		 216 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000172091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0371  GTP cyclohydrolase I  89.81 
 
 		 216 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0383  GTP cyclohydrolase I  89.81 
 
 		 216 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0244609 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0458  GTP cyclohydrolase I  90.19 
 
 		 214 aa  387  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0467391  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3602  GTP cyclohydrolase I  89.35 
 
 		 216 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0354  GTP cyclohydrolase I  89.35 
 
 		 216 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3775  GTP cyclohydrolase I  89.35 
 
 		 216 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.86022 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0322  GTP cyclohydrolase I  87.96 
 
 		 216 aa  371  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4566  GTP cyclohydrolase I  87.62 
 
 		 219 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235543 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3486  GTP cyclohydrolase I  86.32 
 
 		 214 aa  367  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3842  GTP cyclohydrolase I  87.14 
 
 		 219 aa  362  3e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0380  GTP cyclohydrolase I  85.24 
 
 		 219 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000683928 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06235  GTP cyclohydrolase I  78.77 
 
 		 217 aa  350  1e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0558  GTP cyclohydrolase I  78.77 
 
 		 230 aa  348  4e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000481  GTP cyclohydrolase I type 1  78.3 
 
 		 217 aa  347  7e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582087  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3162  GTP cyclohydrolase I  69.52 
 
 		 222 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3286  GTP cyclohydrolase I  71.56 
 
 		 227 aa  310  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1560  GTP cyclohydrolase I  70.23 
 
 		 221 aa  298  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2568  GTP cyclohydrolase I  69.77 
 
 		 220 aa  293  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2470  GTP cyclohydrolase I  69.77 
 
 		 220 aa  293  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3014  GTP cyclohydrolase I  69.77 
 
 		 220 aa  293  1e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228937 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2753  GTP cyclohydrolase I  70.05 
 
 		 222 aa  290  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02082  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228252  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1505  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2287  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1495  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2300  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.014502 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2449  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0813  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3287  GTP cyclohydrolase I  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02041  hypothetical protein  69.12 
 
 		 222 aa  287  7e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.205869  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2405  GTP cyclohydrolase I  68.22 
 
 		 222 aa  285  4e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.626916  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2542  GTP cyclohydrolase I  68.66 
 
 		 222 aa  284  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  normal  0.157886 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2339  GTP cyclohydrolase I  68.66 
 
 		 222 aa  284  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2432  GTP cyclohydrolase I  68.66 
 
 		 222 aa  284  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.363143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2384  GTP cyclohydrolase I  68.66 
 
 		 222 aa  284  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2428  GTP cyclohydrolase I  68.66 
 
 		 222 aa  284  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.821616 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1933  GTP cyclohydrolase I  76.3 
 
 		 217 aa  280  8.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669415  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0910  GTP cyclohydrolase I  61.9 
 
 		 218 aa  279  2e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.834078  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00675  GTP cyclohydrolase I  60.38 
 
 		 227 aa  271  4.0000000000000004e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2306  GTP cyclohydrolase I  69.63 
 
 		 222 aa  270  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1670  GTP cyclohydrolase I  68.37 
 
 		 220 aa  266  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.731499  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1941  GTP cyclohydrolase I  68.69 
 
 		 220 aa  266  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0853389  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0394  GTP cyclohydrolase I  64.79 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.457978  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0468  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 		 214 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00942975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1006  GTP cyclohydrolase I  55.33 
 
 		 241 aa  210  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.53094 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1059  GTP cyclohydrolase  51.76 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.479491 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0955  GTP cyclohydrolase  55.11 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.14078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2270  GTP cyclohydrolase I  51.32 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759649  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1333  GTP cyclohydrolase I  51.06 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848552 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0055  GTP cyclohydrolase I  50.54 
 
 		 223 aa  189  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00785  GTP cyclohydrolase I  50.27 
 
 		 225 aa  185  4e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4850  GTP cyclohydrolase  44.71 
 
 		 218 aa  149  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2639  GTP cyclohydrolase I  44.12 
 
 		 211 aa  148  8e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0530307  normal  0.512289 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0205  GTP cyclohydrolase I  44.44 
 
 		 200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.224052 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0748  GTP cyclohydrolase I  39.79 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1417  GTP cyclohydrolase I  42.78 
 
 		 202 aa  143  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0939042  normal  0.395983 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2980  GTP cyclohydrolase I  44.89 
 
 		 185 aa  142  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000239263  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1694  GTP cyclohydrolase I  43.55 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0408  GTP cyclohydrolase  44.13 
 
 		 185 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.503604  normal  0.0142935 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0445  GTP cyclohydrolase I  43.58 
 
 		 205 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5371  GTP cyclohydrolase I  44.81 
 
 		 202 aa  141  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021481 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1048  GTP cyclohydrolase I  45 
 
 		 187 aa  140  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0594  GTP cyclohydrolase I  44.2 
 
 		 190 aa  140  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1649  GTP cyclohydrolase I  40.1 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.993885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3643  GTP cyclohydrolase I  43.29 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0117786  normal  0.0659308 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9174  GTP cyclohydrolase I  42.46 
 
 		 193 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4504  GTP cyclohydrolase I  44.51 
 
 		 210 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13641  GTP cyclohydrolase I  44.13 
 
 		 202 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012115 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0402  GTP cyclohydrolase I  42.27 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.160762  normal  0.817545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2184  GTP cyclohydrolase I  39.04 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0182088 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12810  GTP cyclohydrolase I  42.54 
 
 		 188 aa  139  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.106699  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0560  GTP cyclohydrolase I  43.5 
 
 		 198 aa  139  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3248  GTP cyclohydrolase I  38.5 
 
 		 229 aa  138  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.182392  normal  0.472848 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4971  GTP cyclohydrolase I  43.02 
 
 		 199 aa  138  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.853969 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0152  GTP cyclohydrolase  43.02 
 
 		 214 aa  138  7e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1014  GTP cyclohydrolase I  38.76 
 
 		 189 aa  138  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0890  GTP cyclohydrolase I  39.81 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.273347  normal  0.916518 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0864  GTP cyclohydrolase I  39.81 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6827  GTP cyclohydrolase I  41.48 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2960  GTP cyclohydrolase  38.55 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666668 
 
 
-
 
NC_004310  BR1075  GTP cyclohydrolase I  41.21 
 
 		 213 aa  136  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.76008  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5155  GTP cyclohydrolase I  42.54 
 
 		 201 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.780248 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2103  GTP cyclohydrolase I  40.91 
 
 		 200 aa  136  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1233  GTP cyclohydrolase I  43.82 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_34960  GTP cyclohydrolase I (GTP-CH-I)  42.11 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3114  GTP cyclohydrolase I  36.84 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.942606  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1041  GTP cyclohydrolase I  41.21 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.25698  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4769  GTP cyclohydrolase I  42.54 
 
 		 201 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11630  GTP cyclohydrolase I  44.75 
 
 		 198 aa  136  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1408  GTP cyclohydrolase I  42.13 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0190569  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0976  GTP cyclohydrolase I  41.55 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.49412  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3354  GTP cyclohydrolase  39.18 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4855  GTP cyclohydrolase I  42.54 
 
 		 201 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1204  GTP cyclohydrolase I  38.2 
 
 		 189 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0121  GTP cyclohydrolase I  44.51 
 
 		 189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.952569  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>