297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0001 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.696589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  88 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  88 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0038  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0053  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0031  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.663403  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0031  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0114  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00529639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0115  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000730422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0116  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000643012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0079  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000089994  decreased coverage  0.0000000414359 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg03  tRNA-Arg  100 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0078  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000877536  decreased coverage  0.0000000448266 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0080  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000892211  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 65 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1045  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1047  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0005  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000374311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>