48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2866 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E2866  hypothetical protein  100 
 
 		 63 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.501435  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02384  predicted formate transporter  100 
 
 		 282 aa  118  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.330245  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02346  hypothetical protein  100 
 
 		 282 aa  118  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.378468  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2626  putative formate transporter  100 
 
 		 282 aa  118  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1184  putative formate transporter  100 
 
 		 282 aa  118  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0550252 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1177  formate/nitrite transporter  100 
 
 		 282 aa  116  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3714  putative formate transporter  94.55 
 
 		 282 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.854705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2774  putative formate transporter  98.08 
 
 		 282 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0138397  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2639  putative formate transporter  96.15 
 
 		 282 aa  107  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.501611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1998  formate transporter  56.6 
 
 		 286 aa  63.9  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2424  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.307423  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00908  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.839413  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1001  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.304412  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1010  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00439262  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2692  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.514456 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2217  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1065  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.187921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00915  hypothetical protein  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656334  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2739  formate/nitrite transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.851182  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2676  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1730  formate transporter  55 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.373125  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1947  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00022093  normal  0.102506 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2588  formate transporter  51.79 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.864414  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1703  formate transporter  53.85 
 
 		 286 aa  61.6  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1424  formate/nitrite transporter  50 
 
 		 285 aa  62  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1038  putative formate transporter FocA  55.77 
 
 		 271 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.263222 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1007  putative formate transporter FocA  55.77 
 
 		 271 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1072  putative formate transporter FocA  55.77 
 
 		 271 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.4998  normal  0.491294 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1087  putative formate transporter FocA  55.77 
 
 		 271 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0979  putative formate transporter FocA  55.77 
 
 		 271 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.377209  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  54 
 
 		 483 aa  58.2  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  55.77 
 
 		 483 aa  57.8  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2344  formate/nitrite transporter  54 
 
 		 285 aa  57  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  49.06 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  47.17 
 
 		 286 aa  55.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  50 
 
 		 483 aa  54.3  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2242  formate/nitrite transporter  49.06 
 
 		 285 aa  53.9  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.57128  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1956  putative formate transporter 1  41.07 
 
 		 286 aa  53.9  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0091  formate/nitrate transporter  53.33 
 
 		 293 aa  50.1  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  41.51 
 
 		 303 aa  48.1  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2376  formate/nitrite transporter  43.14 
 
 		 537 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2470  formate/nitrite transporter  40 
 
 		 558 aa  45.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0519177  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1710  formate/nitrite transporter  40.82 
 
 		 491 aa  44.3  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.402769  hitchhiker  0.00135887 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  50 
 
 		 310 aa  44.7  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  59.46 
 
 		 296 aa  43.5  0.0009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  44.44 
 
 		 275 aa  43.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2707  formate/nitrite transporter  53.66 
 
 		 313 aa  42.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.221664 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0884  response regulator receiver protein  51.06 
 
 		 425 aa  42.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>