42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1827 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  100 
 
 		 205 aa  402  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  58.38 
 
 		 204 aa  216  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  60.54 
 
 		 188 aa  214  5e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  58.92 
 
 		 204 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  58.38 
 
 		 205 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  58.92 
 
 		 201 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  58.73 
 
 		 198 aa  211  7e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  58.73 
 
 		 198 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  59.46 
 
 		 187 aa  211  9e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  58.51 
 
 		 198 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  57.45 
 
 		 198 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  56.35 
 
 		 202 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  54.44 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  57.61 
 
 		 209 aa  187  9e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  56.29 
 
 		 218 aa  184  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  56.5 
 
 		 194 aa  179  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  57.83 
 
 		 171 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  50 
 
 		 194 aa  152  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  42.37 
 
 		 183 aa  122  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  43.45 
 
 		 162 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  39.23 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  46.41 
 
 		 186 aa  117  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  45.83 
 
 		 183 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  40.24 
 
 		 195 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  37.34 
 
 		 186 aa  100  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  36.96 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  39.04 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  34.05 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  34.62 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  35.56 
 
 		 220 aa  52  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  25.73 
 
 		 289 aa  50.1  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  33.86 
 
 		 206 aa  48.9  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  27.96 
 
 		 204 aa  48.9  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  28.11 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  35 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  26.61 
 
 		 211 aa  46.2  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  31.71 
 
 		 198 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  26.38 
 
 		 286 aa  43.1  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  25.17 
 
 		 281 aa  42.7  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  26.32 
 
 		 279 aa  43.1  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  32 
 
 		 242 aa  42  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  33.73 
 
 		 292 aa  42  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>