More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1900 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1900  PTS system, IIBC components  100 
 
 
474 aa  940    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0177  phosphotransferase system, EIIC  73.54 
 
 
484 aa  666    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0182  phosphotransferase system EIIC  73.54 
 
 
484 aa  666    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1242  sucrose-specific PTS system IIBC component  59.45 
 
 
645 aa  527  1e-148  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.91372  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1540  phosphotransferase system EIIC  56.08 
 
 
479 aa  491  1e-137  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0733  phosphotransferase system EIIC  49.9 
 
 
454 aa  436  1e-121  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0877  PTS system, sucrose-specific IIBC component  49.69 
 
 
454 aa  433  1e-120  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4458  PTS system, sucrose-specific IIBC component  49.48 
 
 
454 aa  432  1e-120  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222368  normal  0.618386 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0919  PTS system, sucrose-specific IIBC component  49.48 
 
 
454 aa  432  1e-120  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.6517e-42 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0988  PTS system, sucrose-specific IIBC component  49.27 
 
 
454 aa  430  1e-119  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.55468  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0914  PTS system, sucrose-specific IIBC component  49.06 
 
 
454 aa  428  1e-119  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0121729  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0784  PTS system sucrose-specific transporter subunit IIBC  49.27 
 
 
454 aa  429  1e-119  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0733  PTS system, sucrose-specific IIBC component  49.27 
 
 
454 aa  431  1e-119  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000656707  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0671  PTS system, sucrose-specific IIBC component  48.94 
 
 
455 aa  431  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0823  PTS system sucrose-specific transporter subunit IIBC  49.27 
 
 
454 aa  429  1e-119  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0262491  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0719  PTS system, sucrose-specific IIBC component  49.06 
 
 
454 aa  427  1e-118  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.514005  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1470  phosphotransferase system EIIC  47.77 
 
 
450 aa  411  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0563215  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2812  phosphotransferase system EIIC  45.36 
 
 
454 aa  390  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3832  phosphotransferase system EIIC  42.46 
 
 
466 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2732  phosphotransferase system, eiic  38.11 
 
 
453 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2813  phosphotransferase system, eiic  38.11 
 
 
453 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.526275  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2948  PTS system transporter subunit EIIC  37.89 
 
 
453 aa  308  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2773  PTS system transporter subunit EIIC  38.11 
 
 
453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0170  phosphotransferase system, EIIC  41.82 
 
 
476 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00257735  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2836  PTS system EIIC component  38.11 
 
 
453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.799285 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3660  phosphotransferase system EIIC  39.54 
 
 
455 aa  307  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1067  phosphotransferase system EIIC  40.43 
 
 
446 aa  296  7e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0971  phosphotransferase system EIIC  38.24 
 
 
468 aa  287  2e-76  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3046  phosphotransferase system, EIIC  37.58 
 
 
453 aa  287  4e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7243  phosphotransferase system PTS, EIIB/EIIC  35.51 
 
 
513 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.838529  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1198  phosphotransferase system EIIC  35.26 
 
 
495 aa  273  7e-72  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.742148  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001000  PTS system N-acetylmuramic acid-specific IIBC component  36.29 
 
 
484 aa  268  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2586  PTS system N-acetylmuramic acid transporter subunits EIIBC  36.36 
 
 
482 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02329  N-acetylmuramic acid phosphotransfer permease  35.79 
 
 
474 aa  250  5e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02290  hypothetical protein  35.79 
 
 
474 aa  250  5e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3659  PTS system N-acetylmuramic acid transporter subunits EIIBC  35.5 
 
 
474 aa  249  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2715  PTS system N-acetylmuramic acid transporter subunits EIIBC  35.58 
 
 
474 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1232  phosphotransferase system EIIC  35.58 
 
 
474 aa  248  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2565  PTS system N-acetylmuramic acid transporter subunits EIIBC  35.58 
 
 
474 aa  248  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1250  PTS system N-acetylmuramic acid transporter subunits EIIBC  35.58 
 
 
474 aa  248  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.290523 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2801  PTS system N-acetylmuramic acid transporter subunits EIIBC  35.38 
 
 
474 aa  245  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2584  PTS system N-acetylmuramic acid transporter subunits EIIBC  35.29 
 
 
474 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0859  PTS system, beta-glucoside-specific enzyme II, ABC component  29.58 
 
 
630 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3507  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  31.17 
 
 
458 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0810  PTS system, sucrose-specific IIBC component  32.28 
 
 
458 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0917  PTS system, sucrose-specific IIBC component  32.28 
 
 
458 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0668  PTS system, sucrose-specific IIBC component  31.92 
 
 
458 aa  200  5e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00638232  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0718  PTS system sucrose-specific transporter subunit IIBC  31.65 
 
 
458 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000127924  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0754  PTS system sucrose-specific transporter subunit IIBC  31.65 
 
 
458 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1968  PTS system, sucrose-specific IIBC components  29.69 
 
 
481 aa  196  6e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0000108474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0877  PTS system, beta-glucoside-specific enzyme II, ABC component  29.18 
 
 
630 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0324408  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2403  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  30.1 
 
 
480 aa  194  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000860113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2021  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  31.03 
 
 
456 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139063  normal  0.0932593 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2449  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  30.1 
 
 
480 aa  194  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000521739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2907  PTS system sucrose-specific EIIBC component ScrA  30.39 
 
 
456 aa  193  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0119328  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3594  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  30.09 
 
 
456 aa  192  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000599  phosphotransferase system sucrose-specific IIBC component  29.55 
 
 
479 aa  190  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000683079  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0495  PTS system, trehalose-specific IIBC subunit  30.82 
 
 
475 aa  189  8e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.247391  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0508  PTS system, trehalose-specific IIBC subunit  30.82 
 
 
475 aa  189  8e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3482  PTS system, beta-glucoside-specific IIABC subunit  28.11 
 
 
644 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0393  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  30 
 
 
457 aa  188  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0813466  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3757  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  28.78 
 
 
456 aa  186  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0342215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4205  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  29.78 
 
 
456 aa  186  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1620  PTS system, trehalose-specific IIBC subunit  28.34 
 
 
471 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000938635  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0597  PTS system, sucrose-specific IIBC component  29.55 
 
 
479 aa  183  7e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000306243  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0790  PTS system, beta-glucosides-specific IIABC components  29.61 
 
 
622 aa  181  2e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0349  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  28.72 
 
 
456 aa  182  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4074  phosphotransferase system EIIC  27.39 
 
 
470 aa  181  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0747  PTS system, beta-glucoside-specific IIABC subunit  25.63 
 
 
638 aa  178  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0763  PTS system, beta-glucoside-specific IIABC subunit  26.43 
 
 
626 aa  177  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0976  phosphotransferase system EIIC  26.68 
 
 
450 aa  176  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00180134  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0972  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  28.88 
 
 
485 aa  175  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0102663  normal  0.021269 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0699  PTS system, trehalose-specific IIBC component  29.08 
 
 
475 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.712537  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4670  PTS system, trehalose-specific IIBC component  29.67 
 
 
475 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.21575e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0598  PTS system trehalose-specific transporter subunit IIBC  29.08 
 
 
475 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0356425  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0542  protein-N(pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (PTS system, trehalose-specific IIBC component)  29.08 
 
 
475 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0631  PTS system trehalose-specific transporter subunit IIBC  29.08 
 
 
475 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0686  PTS system, trehalose-specific IIBC component  29.08 
 
 
475 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.872474 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3657  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  29.86 
 
 
478 aa  173  5.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0760  PTS system, trehalose-specific IIBC component  29.27 
 
 
475 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2554  PTS system, trehalose-specific IIBC subunit  27.25 
 
 
472 aa  172  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0784  PTS system, beta-glucoside-specific IIABC subunit  27.63 
 
 
636 aa  172  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.063374  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0667  PTS system, trehalose-specific IIBC component  29.27 
 
 
475 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.652435  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0542  protein-N(pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (PTS system, trehalose-specific IIBC component)  28.88 
 
 
475 aa  171  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.190354  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1778  sucrose PTS, EIIBCA  28.27 
 
 
647 aa  170  6e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.00000018652  hitchhiker  0.000000000675608 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1285  PTS system, sucrose-specific (IIBC component) transmembrane protein  25.96 
 
 
465 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.410172  normal  0.484299 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4064  phosphotransferase system EIIC  25.82 
 
 
462 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4231  PTS system beta-glucoside-specific transporter subunits IIABC  28.84 
 
 
625 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0288  sucrose PTS, EIIBCA  25.98 
 
 
653 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0534348  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1755  beta-glucosides PTS, EIIBCA  27.56 
 
 
624 aa  164  3e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000638137  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1667  PTS system beta-glucoside-specific transporter subunits IIABC  28.6 
 
 
636 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0376301  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03606  fused beta-glucoside-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component  28.84 
 
 
625 aa  163  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03550  hypothetical protein  28.84 
 
 
625 aa  163  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1341  beta-glucoside-specific PTS system IIABC component  27.68 
 
 
503 aa  163  7e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197873  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0933  phosphotransferase system, EIIC  25.68 
 
 
459 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.393836  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4255  phosphotransferase system EIIC  25.35 
 
 
460 aa  161  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4245  PTS system, beta-glucoside-specific IIABC subunit  28.44 
 
 
625 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4272  PTS system beta-glucoside-specific transporter subunits IIABC  28.44 
 
 
625 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3936  PTS system beta-glucoside-specific transporter subunits IIABC  28.44 
 
 
625 aa  160  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.64171  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2439  PTS system beta-glucoside-specific transporter subunits IIABC  27.99 
 
 
633 aa  160  7e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0118762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>