More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3415 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3415  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 280 aa  560  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3737  two component transcriptional regulator, winged helix family  95.34 
 
 		 278 aa  530  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0018  response regulator transcription regulator protein  76.79 
 
 		 279 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0928383  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0785  DNA-binding response regulator PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1623  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1296  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2768  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.368066  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2015  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0579  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0503015  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1490  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.72233  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1520  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0572  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  50.87 
 
 		 233 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4448  two component transcriptional regulator  51.3 
 
 		 233 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1271  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 233 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624894  normal  0.128476 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2853  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 233 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  51.25 
 
 		 236 aa  226  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1276  two component transcriptional regulator  50.87 
 
 		 233 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0824  two component transcriptional regulator  50.87 
 
 		 233 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1182  two component transcriptional regulator  50.87 
 
 		 233 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1305  two component transcriptional regulator  50.87 
 
 		 233 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.920206  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1194  two component transcriptional regulator  50.87 
 
 		 233 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.159741  normal  0.484581 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0887  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 233 aa  224  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686184  normal  0.0397846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2162  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  48.73 
 
 		 235 aa  221  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308703  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1534  phosphate regulon two-component response regulator transcription regulator protein  49.37 
 
 		 237 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2180  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 235 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0753297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1713  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  48.52 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0484795  normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2021  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.52 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.198844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 		 234 aa  216  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1277  two component transcriptional regulator  47.88 
 
 		 233 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0649233  normal  0.253886 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  48.71 
 
 		 228 aa  210  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  45.11 
 
 		 230 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1105  two component transcriptional regulator  46.98 
 
 		 229 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.489008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 238 aa  196  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2201  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 242 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.153982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1659  two component transcriptional regulator  47.14 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 		 229 aa  191  8e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1597  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 237 aa  190  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  44.69 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  44.1 
 
 		 235 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 240 aa  189  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 231 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0959  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  44.78 
 
 		 229 aa  188  7e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.159493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2257  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.512842  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 		 235 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1053  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 229 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03440  putative DNA-binding response regulator PhoB  42.17 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1074  response regulator receiver protein  43.91 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000246777  normal  0.491091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  43.04 
 
 		 239 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1364  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000657343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1378  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000291119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2981  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  43.04 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000220801  hitchhiker  0.00121997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1403  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  0.0219543 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1296  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000460678  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2709  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000407229  decreased coverage  0.000000263688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2777  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  decreased coverage  0.000208697 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2879  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2768  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.04 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2689  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  43.04 
 
 		 229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000627834  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  41.3 
 
 		 229 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3452  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00686704  hitchhiker  0.000158375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  43.48 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  40.43 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1208  phosphate regulon response regulator PhoB  40.43 
 
 		 233 aa  178  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  43.04 
 
 		 229 aa  178  7e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2969  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 229 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000855765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2457  response regulator homolog PhoB (phosphate regulon transcriptional regulatory protein)  40 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004385  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  40.43 
 
 		 229 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0824  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 229 aa  176  5e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4400  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 236 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2232  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.61 
 
 		 227 aa  175  9e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.326614  normal  0.43086 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02492  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  40.6 
 
 		 229 aa  175  9e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.506678  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.57 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.57 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2915  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40 
 
 		 229 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48520  phosphate regulon response regulator; PhoB  41.05 
 
 		 229 aa  171  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0667889  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 229 aa  172  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3106  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.57 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  39.57 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2472  response regulator receiver protein  43.96 
 
 		 216 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1923  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  169  6e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.172224  normal  0.01117 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  169  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  39.57 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5606  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1373  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 265 aa  168  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5477  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  40.17 
 
 		 229 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  38.7 
 
 		 229 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  39.13 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>