34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1159 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 		 100 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.16504  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  77.08 
 
 		 100 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  69.39 
 
 		 104 aa  143  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  53.12 
 
 		 96 aa  102  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2821  hypothetical protein  58.11 
 
 		 110 aa  81.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.48 
 
 		 110 aa  80.5  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1970  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 		 108 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50550  hydrogenase assembly chaperone HoxL (HypC/HupF family)  44.9 
 
 		 106 aa  72.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00348713  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1292  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.3 
 
 		 100 aa  71.2  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000883149  normal  0.714979 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1154  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.6 
 
 		 112 aa  61.2  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.583061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1636  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.668575  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1639  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7261  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.38 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409873  normal  0.408688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1165  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.84 
 
 		 123 aa  57  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297404  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3985  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  44.33 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1801  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1706  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1647  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.963071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.34 
 
 		 75 aa  52  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2025  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.62 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 		 87 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.94 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0500  putative HupF/HypC hydrogenase protein  35.92 
 
 		 105 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2151  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.18 
 
 		 105 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.188012  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.35 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.07 
 
 		 78 aa  45.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.25 
 
 		 78 aa  44.7  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.98 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  36.36 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  41.67 
 
 		 76 aa  41.2  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.48 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>