38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4990 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  100 
 
 		 220 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  29.01 
 
 		 186 aa  72  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  28.93 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  32.67 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  32 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  30.46 
 
 		 186 aa  62.4  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  33.11 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  31.29 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  34.68 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  33.33 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 187 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  31.93 
 
 		 198 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  28.22 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  31.14 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  31.71 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  27.27 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  28.29 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 201 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  28 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  28.83 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  37.58 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  29.76 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  28.97 
 
 		 183 aa  53.1  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3691  hypothetical protein  27.59 
 
 		 237 aa  52  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  37.11 
 
 		 198 aa  51.6  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  36.89 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  28.08 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  30.13 
 
 		 224 aa  45.8  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  30.53 
 
 		 293 aa  45.4  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  32.87 
 
 		 285 aa  45.4  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  26.67 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  35.37 
 
 		 369 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  34.48 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  37.11 
 
 		 204 aa  42.4  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  33.33 
 
 		 204 aa  42  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>