More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4049 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5167  adenylosuccinate lyase  82.14 
 
 		 459 aa  800    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.518617  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3376  adenylosuccinate lyase  80.39 
 
 		 459 aa  786    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1158  adenylosuccinate lyase  78.43 
 
 		 459 aa  749    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0852  adenylosuccinate lyase  79.08 
 
 		 481 aa  758    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.697977 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4049  adenylosuccinate lyase  100 
 
 		 459 aa  951    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4662  adenylosuccinate lyase  82.14 
 
 		 459 aa  794    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.163843  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4111  adenylosuccinate lyase  75.88 
 
 		 457 aa  711    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174972 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4026  adenylosuccinate lyase  80.39 
 
 		 459 aa  786    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3624  adenylosuccinate lyase  73.2 
 
 		 457 aa  691    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.12495  normal  0.263757 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4669  adenylosuccinate lyase  80.61 
 
 		 459 aa  786    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3914  adenylosuccinate lyase  82.79 
 
 		 483 aa  791    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0304916  hitchhiker  0.00468958 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2720  adenylosuccinate lyase  65.5 
 
 		 457 aa  629  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.382764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0593  adenylosuccinate lyase  64.62 
 
 		 462 aa  618  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2576  adenylosuccinate lyase  64.62 
 
 		 462 aa  620  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000542791 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2554  adenylosuccinate lyase  64.85 
 
 		 457 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.660215 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2964  adenylosuccinate lyase  64.85 
 
 		 457 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.989167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1221  adenylosuccinate lyase  64.84 
 
 		 483 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3366  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 462 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000111293 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2956  adenylosuccinate lyase  63.97 
 
 		 458 aa  614  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0183  adenylosuccinate lyase  63.96 
 
 		 462 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.31796  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0666  adenylosuccinate lyase  63.96 
 
 		 462 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600757  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0633  adenylosuccinate lyase  63.74 
 
 		 462 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2442  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 462 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0358  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 462 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3752  adenylosuccinate lyase  63.3 
 
 		 482 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3402  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 462 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2717  adenylosuccinate lyase  64.62 
 
 		 482 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2627  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 462 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0157894  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1216  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 462 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3288  adenylosuccinate lyase  61.09 
 
 		 455 aa  599  1e-170  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.650237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2819  adenylosuccinate lyase  63.97 
 
 		 458 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0561  adenylosuccinate lyase  63.74 
 
 		 462 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0587  adenylosuccinate lyase  63.74 
 
 		 462 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0893212  normal  0.36652 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0518  adenylosuccinate lyase  62.26 
 
 		 456 aa  592  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.448433 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3438  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 483 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3436  adenylosuccinate lyase  64.18 
 
 		 462 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.587084  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1819  adenylosuccinate lyase  61.39 
 
 		 456 aa  593  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.558507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1511  adenylosuccinate lyase  61.93 
 
 		 483 aa  592  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.411987 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1794  adenylosuccinate lyase  62.58 
 
 		 459 aa  589  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0813752  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3412  adenylosuccinate lyase  64.55 
 
 		 458 aa  587  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.507882  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1675  adenylosuccinate lyase  60.22 
 
 		 459 aa  580  1e-164  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1358  adenylosuccinate lyase  60.87 
 
 		 455 aa  578  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01205  adenylosuccinate lyase  60.87 
 
 		 455 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2627  adenylosuccinate lyase  61.52 
 
 		 455 aa  574  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.108718  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30110  adenylosuccinate lyase  60.22 
 
 		 456 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2578  adenylosuccinate lyase  60.22 
 
 		 456 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.763537  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2195  adenylosuccinate lyase  57.39 
 
 		 456 aa  559  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0644  adenylosuccinate lyase  58.04 
 
 		 456 aa  558  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2241  adenylosuccinate lyase  58.35 
 
 		 460 aa  560  1e-158  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0280577  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3192  adenylosuccinate lyase  59.13 
 
 		 472 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.095661 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3360  adenylosuccinate lyase  59.13 
 
 		 456 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0546481  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2402  adenylosuccinate lyase  58.48 
 
 		 456 aa  554  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.129184  normal  0.0983593 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3598  adenylosuccinate lyase  58.91 
 
 		 471 aa  554  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2381  adenylosuccinate lyase  55.87 
 
 		 455 aa  554  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4016  adenylosuccinate lyase  58.48 
 
 		 456 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.704284  normal  0.107719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3420  adenylosuccinate lyase  58.7 
 
 		 472 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2106  adenylosuccinate lyase  56.52 
 
 		 455 aa  548  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01822  adenylosuccinate lyase  56.74 
 
 		 478 aa  549  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28380  adenylosuccinate lyase  57.61 
 
 		 462 aa  548  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3621  adenylosuccinate lyase  58.7 
 
 		 472 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1817  adenylosuccinate lyase  58.48 
 
 		 472 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0945132 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003857  adenylosuccinate lyase  56.74 
 
 		 456 aa  549  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.574073  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1764  adenylosuccinate lyase  57.61 
 
 		 455 aa  548  1e-155  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1593  adenylosuccinate lyase  56.74 
 
 		 455 aa  545  1e-154  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1032  adenylosuccinate lyase  57.64 
 
 		 458 aa  545  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.423861  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1849  adenylosuccinate lyase  59.13 
 
 		 455 aa  546  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0805  adenylosuccinate lyase  58.04 
 
 		 455 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1610  adenylosuccinate lyase  55.04 
 
 		 456 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2853  adenylosuccinate lyase  55.04 
 
 		 456 aa  544  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0892  adenylosuccinate lyase  57.83 
 
 		 465 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0715045  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1718  adenylosuccinate lyase  55.04 
 
 		 456 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2064  adenylosuccinate lyase  56.51 
 
 		 456 aa  541  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00558095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2540  adenylosuccinate lyase  55.85 
 
 		 456 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2902  adenylosuccinate lyase  55.63 
 
 		 456 aa  541  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.451735  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2446  adenylosuccinate lyase  57.61 
 
 		 454 aa  540  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.673472  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1065  adenylosuccinate lyase  58.04 
 
 		 458 aa  541  9.999999999999999e-153  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.403225  normal  0.751482 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02370  adenylosuccinate lyase  55 
 
 		 455 aa  535  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.718136  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1952  adenylosuccinate lyase  55.7 
 
 		 456 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3268  adenylosuccinate lyase  56.3 
 
 		 457 aa  537  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00567464 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2134  adenylosuccinate lyase  55.7 
 
 		 456 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0323604 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1349  adenylosuccinate lyase  55.7 
 
 		 456 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1879  adenylosuccinate lyase  56.29 
 
 		 455 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000162136 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2152  adenylosuccinate lyase  55.63 
 
 		 456 aa  535  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0629713  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1333  adenylosuccinate lyase  55.7 
 
 		 456 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887926  normal  0.184863 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01129  adenylosuccinate lyase  55.85 
 
 		 456 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1273  adenylosuccinate lyase  56.33 
 
 		 455 aa  531  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1592  adenylosuccinate lyase  55.85 
 
 		 456 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000440379 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2235  adenylosuccinate lyase  54.97 
 
 		 456 aa  532  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0334521  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2707  adenylosuccinate lyase  56.07 
 
 		 456 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0624698 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1294  adenylosuccinate lyase  55.85 
 
 		 456 aa  533  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1311  adenylosuccinate lyase  55.26 
 
 		 456 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.634296  normal  0.266567 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2020  adenylosuccinate lyase  54.82 
 
 		 456 aa  531  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.581783  normal  0.312762 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0026  adenylosuccinate lyase  56.09 
 
 		 455 aa  534  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1309  adenylosuccinate lyase  55.85 
 
 		 456 aa  533  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01137  hypothetical protein  55.85 
 
 		 456 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1867  adenylosuccinate lyase  55.41 
 
 		 456 aa  532  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2516  adenylosuccinate lyase  55.41 
 
 		 456 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00611502  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1826  adenylosuccinate lyase  54.97 
 
 		 456 aa  530  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1871  adenylosuccinate lyase  54.53 
 
 		 456 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0121528  hitchhiker  0.00000377009 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2473  adenylosuccinate lyase  54.53 
 
 		 456 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00166519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>