More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1301 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1301  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 		 242 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744793  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0912  GTP cyclohydrolase I  83.88 
 
 		 240 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.447351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0869  GTP cyclohydrolase  83.75 
 
 		 240 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.356902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4119  GTP cyclohydrolase I  80.17 
 
 		 243 aa  411  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3631  GTP cyclohydrolase  82.25 
 
 		 267 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.125261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0879  GTP cyclohydrolase  82.3 
 
 		 241 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.133005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0808  GTP cyclohydrolase I  82.3 
 
 		 241 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.780663  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1830  GTP cyclohydrolase I  79.74 
 
 		 250 aa  396  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.043372 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1329  GTP cyclohydrolase I  78.63 
 
 		 267 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104361  hitchhiker  0.00333374 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1074  GTP cyclohydrolase  78.51 
 
 		 243 aa  391  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.149271 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5449  GTP cyclohydrolase I  76.29 
 
 		 243 aa  391  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3671  GTP cyclohydrolase  72.05 
 
 		 247 aa  357  7e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.773299  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0295  GTP cyclohydrolase I  68.91 
 
 		 262 aa  356  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.711054  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3990  GTP cyclohydrolase I  70.46 
 
 		 241 aa  349  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.497334  normal  0.07815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5834  GTP cyclohydrolase I  65.79 
 
 		 243 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06001  putative GTP cyclohydrolase I  57.01 
 
 		 248 aa  272  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0732  GTP cyclohydrolase  56.95 
 
 		 249 aa  272  4.0000000000000004e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.128009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14731  GTP cyclohydrolase I  57.8 
 
 		 248 aa  270  1e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0919672 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07841  putative GTP cyclohydrolase I  56.31 
 
 		 257 aa  267  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.987944 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1027  GTP cyclohydrolase  55.66 
 
 		 248 aa  266  2e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05921  putative GTP cyclohydrolase I  56.05 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05621  putative GTP cyclohydrolase I  56.05 
 
 		 246 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0536  GTP cyclohydrolase  56.05 
 
 		 246 aa  265  5e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18971  GTP cyclohydrolase I  55.2 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1631  GTP cyclohydrolase I  55.61 
 
 		 251 aa  261  6e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6263  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 		 223 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0055  GTP cyclohydrolase I  36.04 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1014  GTP cyclohydrolase I  40 
 
 		 189 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_987  GTP cyclohydrolase I  43.1 
 
 		 189 aa  132  6.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1204  GTP cyclohydrolase I  44.1 
 
 		 189 aa  131  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3354  GTP cyclohydrolase  41.34 
 
 		 219 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11630  GTP cyclohydrolase I  37.97 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0955  GTP cyclohydrolase  40.99 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.14078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2270  GTP cyclohydrolase I  35.11 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759649  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4743  GTP cyclohydrolase I  38.3 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.449289  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00785  GTP cyclohydrolase I  36.26 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0553  GTP cyclohydrolase I  41.77 
 
 		 188 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0910  GTP cyclohydrolase I  34.78 
 
 		 218 aa  124  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.834078  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2639  GTP cyclohydrolase I  39.53 
 
 		 211 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0530307  normal  0.512289 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4850  GTP cyclohydrolase  37.57 
 
 		 218 aa  122  5e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06235  GTP cyclohydrolase I  35.68 
 
 		 217 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000481  GTP cyclohydrolase I type 1  35.68 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582087  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4307  GTP cyclohydrolase I  36.9 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6827  GTP cyclohydrolase I  39.13 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0380  GTP cyclohydrolase I  35.94 
 
 		 219 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000683928 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00675  GTP cyclohydrolase I  35.68 
 
 		 227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0703  GTP cyclohydrolase I  38.46 
 
 		 200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.659577 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4454  GTP cyclohydrolase I  40 
 
 		 209 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.402948 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0811  GTP cyclohydrolase I  34.22 
 
 		 188 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000676289  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1333  GTP cyclohydrolase I  36.31 
 
 		 227 aa  119  6e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848552 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0558  GTP cyclohydrolase I  35.36 
 
 		 230 aa  118  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2960  GTP cyclohydrolase  36.02 
 
 		 206 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666668 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2103  GTP cyclohydrolase I  38.46 
 
 		 200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1933  GTP cyclohydrolase I  40 
 
 		 217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669415  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0205  GTP cyclohydrolase I  35.33 
 
 		 200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.224052 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3842  GTP cyclohydrolase I  36.46 
 
 		 219 aa  116  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0314  GTP cyclohydrolase I  35.52 
 
 		 209 aa  116  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0466  GTP cyclohydrolase I  39.01 
 
 		 188 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0017  GTP cyclohydrolase I  35.33 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1006  GTP cyclohydrolase I  33.16 
 
 		 241 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.53094 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0641  GTP cyclohydrolase  39.38 
 
 		 212 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104084 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4769  GTP cyclohydrolase I  34.31 
 
 		 201 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4855  GTP cyclohydrolase I  34.31 
 
 		 201 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0397  GTP cyclohydrolase I  36.22 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000172091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0383  GTP cyclohydrolase I  36.22 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0244609 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0372  GTP cyclohydrolase I  36.22 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4310  GTP cyclohydrolase I  38.12 
 
 		 212 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.208107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0371  GTP cyclohydrolase I  36.22 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4254  GTP cyclohydrolase I  36.22 
 
 		 216 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5155  GTP cyclohydrolase I  34.33 
 
 		 201 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.780248 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0121  GTP cyclohydrolase I  40.51 
 
 		 189 aa  115  7.999999999999999e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.952569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1233  GTP cyclohydrolase I  35.33 
 
 		 186 aa  115  7.999999999999999e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0539  GTP cyclohydrolase I  41.28 
 
 		 205 aa  115  8.999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.610758  normal  0.222886 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5291  GTP cyclohydrolase I  34.54 
 
 		 209 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.797621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0301  GTP cyclohydrolase I  34.78 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000150261  normal  0.11188 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1758  GTP cyclohydrolase I  37.11 
 
 		 187 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0458  GTP cyclohydrolase I  36.22 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0467391  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3132  GTP cyclohydrolase I  34.87 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0271  GTP cyclohydrolase I  40.72 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4566  GTP cyclohydrolase I  35.36 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235543 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2660  GTP cyclohydrolase I  40.37 
 
 		 212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00979899  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1408  GTP cyclohydrolase I  34.38 
 
 		 192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0190569  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35640  GTP cyclohydrolase I  38.92 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0864  GTP cyclohydrolase I  37.43 
 
 		 214 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0836  GTP cyclohydrolase I  34.78 
 
 		 214 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0812961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1274  GTP cyclohydrolase I  34.43 
 
 		 185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000261815  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1096  GTP cyclohydrolase I  34.43 
 
 		 185 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00097331  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2117  GTP cyclohydrolase I  37 
 
 		 203 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0890  GTP cyclohydrolase I  37.43 
 
 		 214 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.273347  normal  0.916518 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3162  GTP cyclohydrolase I  33.87 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01250  GTP cyclohydrolase I  36.14 
 
 		 206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3155  GTP cyclohydrolase I  36.88 
 
 		 209 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2894  GTP cyclohydrolase I  34.25 
 
 		 207 aa  113  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4480  GTP cyclohydrolase I  37.27 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1597  GTP cyclohydrolase I  33.8 
 
 		 213 aa  113  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.473501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9174  GTP cyclohydrolase I  35.91 
 
 		 193 aa  113  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5116  GTP cyclohydrolase I  35.48 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.19568  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0468  GTP cyclohydrolase I  34.76 
 
 		 214 aa  113  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00942975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5014  GTP cyclohydrolase I  36.88 
 
 		 209 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5743  GTP cyclohydrolase I  35.48 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0917084  normal  0.199786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>