More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_C5916 on replicon NC_007336
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0057  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  47.76 
 
 
824 aa  704    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00724799  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1413  chaperone ClpB  48.59 
 
 
812 aa  759    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0658  ClpB protein  46.07 
 
 
865 aa  697    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3316  chaperone-associated ATPase, putative  61.38 
 
 
940 aa  1088    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.39865 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2327  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  46.51 
 
 
859 aa  702    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0165  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  49.06 
 
 
817 aa  783    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1335  ATP-dependent protease  50.07 
 
 
862 aa  691    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.255547  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  52.48 
 
 
811 aa  790    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1864  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  49.54 
 
 
874 aa  689    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  52.48 
 
 
811 aa  790    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0078  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  52.48 
 
 
811 aa  790    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0077  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  52.35 
 
 
811 aa  789    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1377  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  49.16 
 
 
865 aa  692    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  45.67 
 
 
858 aa  692    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  45.67 
 
 
858 aa  692    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0200  ATPase  47.69 
 
 
867 aa  702    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.371355  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2876  ATPase  47.31 
 
 
830 aa  729    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0660  Clp protease ATP-binding subunit  45.31 
 
 
855 aa  726    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.562676  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5916  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  100 
 
 
942 aa  1890    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189322  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1980  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  47.01 
 
 
862 aa  700    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.192819  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0589  AAA ATPase  49.23 
 
 
891 aa  708    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.917819  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0132  ATPase  45.43 
 
 
873 aa  712    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0140  ATPase  45.28 
 
 
876 aa  681    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.182889  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0910  UvrB/UvrC protein  49.08 
 
 
823 aa  765    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2335  ATPase  45.55 
 
 
872 aa  711    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4348  UvrB/UvrC protein  47.07 
 
 
814 aa  711    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2389  ClpB heat-shock protein  49.16 
 
 
865 aa  692    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6998  putative ClpA/B protease, ATPase subunit  63.71 
 
 
949 aa  1014    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1932  ATPase  44.4 
 
 
847 aa  688    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.356612  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1389  ATPase  45.64 
 
 
843 aa  723    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1627  ATPase  46.19 
 
 
846 aa  729    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0475854  normal  0.546866 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3413  ATPase  60.66 
 
 
949 aa  1083    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114965  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0080  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  52.48 
 
 
811 aa  790    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.723248  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1099  Clp protease ATP-binding subunit  46.11 
 
 
842 aa  724    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.372897  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0260  ATPase  49.69 
 
 
824 aa  748    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1089  ATPase  45.4 
 
 
883 aa  684    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000277828 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1541  ATPase with chaperone activity  48.45 
 
 
869 aa  694    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0753  chaperone clpB  46.55 
 
 
870 aa  698    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0162  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  50.06 
 
 
840 aa  731    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2205  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  48.77 
 
 
865 aa  692    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489947  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0385  AAA ATPase, ClpA/B  48.57 
 
 
870 aa  707    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4356  ATPase AAA-2  47 
 
 
869 aa  689    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.508325 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4383  ATPase AAA-2  48.99 
 
 
834 aa  721    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.388012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4247  AAA_5 ATPase  45.88 
 
 
879 aa  706    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0997657  normal  0.754892 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2824  AAA ATPase, central region  45.49 
 
 
859 aa  696    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.553525  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1289  ATPase AAA-2  44.48 
 
 
865 aa  696    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00235636  normal  0.153454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4277  ATPase AAA-2  45.39 
 
 
879 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.345892  normal  0.036292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1170  ATPase AAA-2  60.59 
 
 
949 aa  1082    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.501064  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2198  ATPase AAA-2  49.87 
 
 
861 aa  696    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.105301  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1887  putative ATP-dependent Clp protease, ATP- binding subunit  57.02 
 
 
961 aa  1016    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135075  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2374  heat-shock protein, chaperone ClpB  49.03 
 
 
865 aa  682    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0849473  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4095  ATPase AAA-2  44.98 
 
 
879 aa  697    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141008  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0499  ATPase AAA-2  50.66 
 
 
860 aa  701    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.333931  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0681  ATPase AAA-2  46.91 
 
 
878 aa  697    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.310186  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4765  ATPase AAA-2  45.11 
 
 
878 aa  687    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000533628  normal  0.0145469 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1210  ATPase AAA-2  47.69 
 
 
861 aa  699    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0522971  normal  0.881937 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0406  ATPase AAA-2  48.56 
 
 
862 aa  694    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2391  ATPase AAA-2  49.29 
 
 
859 aa  703    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1406  ATPase AAA-2  59.12 
 
 
946 aa  1048    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6232  ATPase AAA-2  49.03 
 
 
865 aa  697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4756  ATPase AAA-2  47.54 
 
 
847 aa  701    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.491369  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0299  ATPase AAA-2  49.68 
 
 
837 aa  697    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0676  ATPase AAA-2  51.67 
 
 
886 aa  843    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000220966  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2179  ATPase AAA-2  47.73 
 
 
834 aa  736    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.400132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2996  ATPase AAA-2  46.02 
 
 
891 aa  685    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2751  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  47.11 
 
 
814 aa  692    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2437  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  47.11 
 
 
814 aa  690    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0543  ATPase AAA-2  45.86 
 
 
870 aa  708    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0110246  normal  0.574025 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2437  ATPase AAA-2  48.88 
 
 
825 aa  749    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.643825 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3380  ATPase AAA-2  47.65 
 
 
825 aa  737    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.802803  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2991  ATPase  49.01 
 
 
857 aa  684    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00302942  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3072  ATPase  49.01 
 
 
857 aa  684    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0239882  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0493  ATPase  49.93 
 
 
864 aa  682    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2367  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  47.45 
 
 
828 aa  724    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000278199  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0650  ATPase  45.67 
 
 
868 aa  685    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.557806 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1785  ATPase  49.68 
 
 
865 aa  697    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5668  ATPase  64.07 
 
 
953 aa  1021    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2575  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06000  putative ClpA/B protease ATP binding subunit  64.46 
 
 
850 aa  1044    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0160864 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0666  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  45.41 
 
 
816 aa  680    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.483496  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0514  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  46.29 
 
 
823 aa  702    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.262133  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0168  ATPase  48 
 
 
830 aa  724    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3740  ATPase  46.56 
 
 
889 aa  691    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1847  ATPase  49.03 
 
 
865 aa  697    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6423  ATPase  59.12 
 
 
946 aa  1048    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.707526  normal  0.616913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3169  ATPase  49.01 
 
 
857 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00027679  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0220  ATPase  47.61 
 
 
839 aa  720    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230139  normal  0.171327 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2119  ATPase  48.66 
 
 
864 aa  714    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.299274  normal  0.0630262 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0334  ATPase  44.11 
 
 
854 aa  682    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4012  ATPase  58.91 
 
 
953 aa  1019    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0466  ATPase  46.68 
 
 
861 aa  706    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4842  ATPase  47.54 
 
 
847 aa  701    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569226  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0659  ATPase  48.1 
 
 
848 aa  706    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5358  ATPase  47.54 
 
 
847 aa  714    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.406565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3393  ATPase  60.21 
 
 
949 aa  1075    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246292  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1249  ATPase  50.47 
 
 
869 aa  687    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.748877  decreased coverage  0.00497256 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1867  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  49.16 
 
 
865 aa  692    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.60175  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11941  ClpC  45.47 
 
 
842 aa  721    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.316562  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11791  ClpC  45.99 
 
 
843 aa  723    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14921  ClpC  45.38 
 
 
855 aa  729    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09911  ClpC  45.75 
 
 
859 aa  725    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>