More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2815 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2815  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
107 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.717991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2672  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  81.9 
 
 
110 aa  180  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  52.08 
 
 
123 aa  96.7  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112377 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7180  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.81 
 
 
114 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.602112 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2821  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40 
 
 
106 aa  70.5  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.541392  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.54 
 
 
96 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.59 
 
 
99 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0073046  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0987  Rieske 2Fe-2S family protein  35 
 
 
106 aa  65.1  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2249  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  30.77 
 
 
127 aa  64.7  0.0000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0167  Rieske (2Fe-2S) region  42.5 
 
 
119 aa  63.9  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3495  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.79 
 
 
100 aa  62  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.65589  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0965  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.5 
 
 
100 aa  62  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00646524 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5347  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.24 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210101  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1911  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.88 
 
 
100 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1967  Rieske (2Fe-2S) region  34.88 
 
 
96 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0966264  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  30.84 
 
 
110 aa  60.8  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.08 
 
 
102 aa  60.1  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1996  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.88 
 
 
100 aa  60.1  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.664018  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1433  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  32.56 
 
 
604 aa  60.1  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0991  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  37.04 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.220686  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1701  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  34.78 
 
 
132 aa  59.7  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.104071  normal  0.427616 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0167  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
109 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000930652 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0795  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.98 
 
 
105 aa  58.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.76 
 
 
137 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.18886 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0161  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.67 
 
 
100 aa  59.3  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394797  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1088  ferredoxin subunit of A ring-hydroxylating dioxygenase oxidoreductase protein  39.47 
 
 
103 aa  58.2  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.173698  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4721  Rieske (2Fe-2S) region  35.71 
 
 
104 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2444  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.71 
 
 
117 aa  58.9  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.44307  normal  0.0794581 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0144  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.42 
 
 
100 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1987  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.35 
 
 
108 aa  58.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  27.78 
 
 
111 aa  58.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468725  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0780  rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.18 
 
 
100 aa  57.8  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.12357  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18750  phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  42.31 
 
 
124 aa  57.8  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.485806  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2251  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.41 
 
 
104 aa  57.8  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.322428  normal  0.209318 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0308  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.35 
 
 
102 aa  57.4  0.00000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.359094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  29.35 
 
 
114 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.383279  normal  0.78464 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  35.96 
 
 
102 aa  57  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.96 
 
 
102 aa  57  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1616  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.67 
 
 
101 aa  57  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2392  protein of unknown function DUF59  33.33 
 
 
238 aa  56.6  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4762  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.67 
 
 
121 aa  56.6  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1482  Rieske (2Fe-2S) region  36.36 
 
 
110 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0396  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  38.38 
 
 
125 aa  56.2  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.7121  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1739  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.67 
 
 
101 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4263  hypothetical protein  31.25 
 
 
137 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.603078 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1502  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.41 
 
 
105 aa  56.6  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.165892 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2708  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.24 
 
 
107 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0669  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  31.68 
 
 
123 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.163122  normal  0.0446226 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1143  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  30.61 
 
 
103 aa  55.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5579  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.14 
 
 
594 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.26 
 
 
106 aa  55.1  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.149896  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2955  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  31.58 
 
 
115 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  36.14 
 
 
334 aa  54.7  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3091  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.18 
 
 
104 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.954428 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3462  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.29 
 
 
116 aa  54.7  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2486  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.18 
 
 
112 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0985  Rieske (2Fe-2S) region  31.68 
 
 
106 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.750027  hitchhiker  0.00017635 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02432  3-phenylpropionate dioxygenase, predicted ferredoxin subunit  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1128  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3772  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0845  Rieske 2Fe-2S family protein  30.12 
 
 
103 aa  53.9  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2692  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7008  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  39.02 
 
 
527 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144463  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2825  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1137  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2693  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.77141  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02396  hypothetical protein  34.95 
 
 
106 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3308  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.9 
 
 
114 aa  53.9  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000504578 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0817  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  24.24 
 
 
103 aa  53.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.276179  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3081  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.9 
 
 
114 aa  53.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0978825  normal  0.175913 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1004  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  33.33 
 
 
101 aa  53.5  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.749918 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  39.78 
 
 
362 aa  53.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1708  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  28.89 
 
 
113 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.78764  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4275  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
106 aa  53.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1628  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  28.26 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.191537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23360  assimilatory nitrite reductase, small subunit  32.89 
 
 
108 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0534419  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3441  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
599 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4332  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0502301  normal  0.233969 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1985  putative dioxygenase  34.91 
 
 
110 aa  52  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.51691  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3866  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.9 
 
 
108 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0481  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  34.62 
 
 
353 aa  52  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0971818  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.04 
 
 
353 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5661  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.08 
 
 
512 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1861  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.78 
 
 
105 aa  52.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0303  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.07 
 
 
100 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5407  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  30.19 
 
 
117 aa  52  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.347398  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13360  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  32.98 
 
 
122 aa  51.6  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.823074  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4301  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.47 
 
 
111 aa  52  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.828362  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  36.11 
 
 
352 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1331  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  29.59 
 
 
119 aa  52  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4524  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  26.37 
 
 
112 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0909  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.62 
 
 
109 aa  51.2  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.056825  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3908  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.94 
 
 
115 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2461  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.18 
 
 
104 aa  51.2  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.601158  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4027  hypothetical protein  32.39 
 
 
110 aa  51.2  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307444 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  30.12 
 
 
98 aa  51.2  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3194  Rieske (2Fe-2S) region  31.82 
 
 
100 aa  51.2  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  6.5117e-17  hitchhiker  4.2038099999999998e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3526  assimilatory nitrite reductase small subunit  31.46 
 
 
108 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3303  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.26 
 
 
103 aa  51.2  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2913  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  43.64 
 
 
163 aa  50.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100806  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>