More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2179 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3727  amino acid transporter  96.58 
 
 		 468 aa  916    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2179  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 468 aa  938    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0711158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5714  putative amino acid permease  82.83 
 
 		 470 aa  778    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2036  amino acid permease-associated region  96.37 
 
 		 468 aa  913    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.790711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65850  amino acid ABC transporter permease  83.26 
 
 		 470 aa  781    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0397279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0556  amino acid permease-associated region  54.25 
 
 		 472 aa  546  1e-154  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0544  amino acid permease-associated region  53.81 
 
 		 472 aa  542  1e-153  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2247  amino acid permease family protein  55.11 
 
 		 474 aa  531  1e-150  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000872443  hitchhiker  0.000241281 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2998  amino acid permease family protein  54.99 
 
 		 474 aa  532  1e-150  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000785062  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3034  amino acid permease family protein  54.89 
 
 		 513 aa  530  1e-149  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000778692  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2735  amino acid permease; arginine permease  55.11 
 
 		 478 aa  531  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  4.73019e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2716  amino acid permease; arginine permease  54.67 
 
 		 474 aa  529  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000134476  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2996  amino acid permease family protein  55.11 
 
 		 474 aa  531  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.65935e-18 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3032  amino acid permease family protein  54.89 
 
 		 474 aa  530  1e-149  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000180582  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0711  amino acid ABC transporter, permease protein  53.61 
 
 		 473 aa  526  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00282515  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0610  amino acid ABC transporter permease  53.59 
 
 		 475 aa  525  1e-148  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10928  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2786  amino acid permease family protein  54.67 
 
 		 478 aa  525  1e-148  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000595058  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0555  amino acid ABC transporter permease  54.1 
 
 		 473 aa  525  1e-148  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000183711  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0554  amino acid ABC transporter permease  54.1 
 
 		 473 aa  528  1e-148  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000103812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0772  amino acid ABC transporter, permease protein  55.09 
 
 		 475 aa  526  1e-148  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0643  amino acid ABC transporter permease  53.59 
 
 		 475 aa  525  1e-148  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0105569  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2998  amino acid permease family protein  54.67 
 
 		 474 aa  525  1e-148  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000337351  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4659  amino acid ABC transporter, permease protein  54.32 
 
 		 476 aa  524  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0350234  hitchhiker  4.63253e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0679  amino acid ABC transporter, permease protein  55.09 
 
 		 475 aa  523  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.711414  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0700  amino acid ABC transporter, permease protein  53.88 
 
 		 475 aa  523  1e-147  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0773  amino acid permease  53 
 
 		 471 aa  521  1e-146  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000509453  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4599  amino-acid permease RocC  53.66 
 
 		 471 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000205089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0738  amino-acid permease RocC  53.66 
 
 		 468 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0592  amino acid permease-associated region  53.52 
 
 		 472 aa  513  1e-144  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2325  amino acid permease-associated region  52.62 
 
 		 476 aa  514  1e-144  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000716314  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1042  amino acid permease-associated region  52 
 
 		 470 aa  497  1e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0547  amino acid permease family protein  50 
 
 		 473 aa  486  1e-136  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0466  amino acid permease family protein  49.56 
 
 		 473 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0409  amino acid permease; arginine permease  49.56 
 
 		 473 aa  483  1e-135  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0405  amino acid permease  49.56 
 
 		 473 aa  481  1e-135  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0492  amino acid permease family protein  49.56 
 
 		 473 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0487  amino acid transporter  49.89 
 
 		 466 aa  480  1e-134  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.219434  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4826  amino acid permease family protein  49.56 
 
 		 473 aa  481  1e-134  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0332094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0411  amino acid permease-associated region  48.9 
 
 		 473 aa  476  1e-133  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0496  amino acid permease family protein  48.9 
 
 		 473 aa  478  1e-133  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0166645  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0547  amino acid permease family protein  49.12 
 
 		 473 aa  478  1e-133  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000141455  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5465  amino acid permease-associated region  47.35 
 
 		 469 aa  474  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0424748  hitchhiker  0.00900636 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0827  S-methylmethionine transporter  49.23 
 
 		 474 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0507  amino acid transporter  50 
 
 		 524 aa  472  1e-132  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.229334  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1143  amino acid permease-associated region  49.12 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00088107 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3345  amino acid permease-associated region  48.28 
 
 		 475 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0660  amino acid transporter  46.27 
 
 		 479 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0232507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0694  amino acid permease-associated region  46.27 
 
 		 479 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0144358 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3470  S-methylmethionine transporter  48.22 
 
 		 469 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3559  amino acid permease-associated region  48.89 
 
 		 485 aa  464  1e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1534  S-methylmethionine transporter  47.56 
 
 		 470 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2927  S-methylmethionine transporter  47.56 
 
 		 470 aa  456  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0627  amino acid transporter  49.11 
 
 		 458 aa  456  1e-127  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0212224  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1041  amino acid permease-associated region  45.36 
 
 		 467 aa  451  1.0000000000000001e-126  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000184403  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1306  amino acid permease  49.55 
 
 		 458 aa  441  9.999999999999999e-123  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000234157  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01794  S-methylmethionine transporter  47.43 
 
 		 465 aa  430  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236866  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1932  amino acid permease-associated region  47.52 
 
 		 490 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00030899  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2051  amino acid permease-associated region  46.45 
 
 		 488 aa  397  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.111812  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3085  lysine-specific permease  46.23 
 
 		 488 aa  395  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02085  lysine transporter  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0635265  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1502  amino acid permease-associated region  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000366881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3104  lysine-specific permease  45.99 
 
 		 488 aa  394  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108094  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2176  lysine-specific permease  46.39 
 
 		 488 aa  394  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3599  amino acid permease-associated region  44.8 
 
 		 511 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872031  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2862  lysine-specific permease  45.99 
 
 		 488 aa  394  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.456947  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2834  lysine specific permease  46.32 
 
 		 488 aa  395  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02044  hypothetical protein  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0708606  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2794  lysine specific permease  46.32 
 
 		 488 aa  395  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.689488  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2453  lysine transporter  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1492  lysine transporter  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0314529 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2291  lysine transporter  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3292  lysine transporter  45.07 
 
 		 489 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0579936  normal  0.854577 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3076  lysine-specific permease  45.99 
 
 		 488 aa  394  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.121364  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2303  lysine transporter  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0126674 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3102  lysine-specific permease  46.23 
 
 		 488 aa  395  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00351231  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5455  amino acid permease-associated region  44.8 
 
 		 536 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.402528  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00990  amino acid transporter  47.65 
 
 		 500 aa  392  1e-108  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0810  lysine transporter  45.07 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3071  lysine-specific permease  46.39 
 
 		 488 aa  394  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2737  lysine-specific permease  47.86 
 
 		 520 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.279115  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5011  amino acid permease-associated region  47.86 
 
 		 514 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.677067 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0325  amino acid permease-associated region  42.05 
 
 		 462 aa  390  1e-107  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.548967  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2391  lysine transporter  44.39 
 
 		 489 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3806  amino acid permease-associated region  47.86 
 
 		 511 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.742871 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0172  lysine-specific permease  47.86 
 
 		 520 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0199  lysine-specific permease  47.86 
 
 		 520 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1010  lysine-specific permease  47.86 
 
 		 520 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1344  lysine-specific permease  47.86 
 
 		 520 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3715  amino acid permease-associated region  47.86 
 
 		 538 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0410363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2346  lysine transporter  44.39 
 
 		 489 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00075881  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2396  amino acid transporter  47.62 
 
 		 511 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.953097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2549  lysine transporter  44.39 
 
 		 489 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163669 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0464  lysine-specific permease  48.33 
 
 		 520 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2856  amino acid permease-associated region  46.15 
 
 		 488 aa  391  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0658699  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2594  lysine-specific permease  47.86 
 
 		 520 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2439  lysine transporter  44.39 
 
 		 489 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2435  lysine transporter  44.39 
 
 		 489 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.101181 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4648  amino acid permease-associated region  47.86 
 
 		 538 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5271  amino acid permease-associated region  43.97 
 
 		 526 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.221406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0379  amino acid transporter  46.81 
 
 		 526 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.139964  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>