More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3345 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3345  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 475 aa  953    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2927  S-methylmethionine transporter  81.05 
 
 		 470 aa  776    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0827  S-methylmethionine transporter  91.81 
 
 		 474 aa  886    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3470  S-methylmethionine transporter  80.93 
 
 		 469 aa  748    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1534  S-methylmethionine transporter  81.3 
 
 		 470 aa  777    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01794  S-methylmethionine transporter  72.83 
 
 		 465 aa  677    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236866  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5465  amino acid permease-associated region  62.28 
 
 		 469 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0424748  hitchhiker  0.00900636 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0660  amino acid transporter  57.17 
 
 		 479 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0232507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0694  amino acid permease-associated region  57.17 
 
 		 479 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0144358 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1041  amino acid permease-associated region  58.61 
 
 		 467 aa  529  1e-149  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000184403  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3559  amino acid permease-associated region  56.76 
 
 		 485 aa  525  1e-148  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1143  amino acid permease-associated region  56.29 
 
 		 477 aa  523  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00088107 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0466  amino acid permease family protein  51.72 
 
 		 473 aa  511  1e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0409  amino acid permease; arginine permease  51.72 
 
 		 473 aa  510  1e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0405  amino acid permease  51.51 
 
 		 473 aa  509  1e-143  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0496  amino acid permease family protein  51.72 
 
 		 473 aa  511  1e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0166645  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0492  amino acid permease family protein  51.72 
 
 		 473 aa  511  1e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4826  amino acid permease family protein  51.72 
 
 		 473 aa  509  1e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0332094  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0547  amino acid permease family protein  51.29 
 
 		 473 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0411  amino acid permease-associated region  51.72 
 
 		 473 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0507  amino acid transporter  56.04 
 
 		 524 aa  505  9.999999999999999e-143  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.229334  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0547  amino acid permease family protein  51.51 
 
 		 473 aa  507  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000141455  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3034  amino acid permease family protein  52.03 
 
 		 513 aa  503  1e-141  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000778692  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2998  amino acid permease family protein  52.71 
 
 		 474 aa  504  1e-141  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000785062  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0487  amino acid transporter  53.81 
 
 		 466 aa  503  1e-141  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.219434  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2247  amino acid permease family protein  52.25 
 
 		 474 aa  501  1e-140  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000872443  hitchhiker  0.000241281 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0556  amino acid permease-associated region  50.43 
 
 		 472 aa  499  1e-140  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2325  amino acid permease-associated region  51.39 
 
 		 476 aa  499  1e-140  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000716314  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3032  amino acid permease family protein  52.03 
 
 		 474 aa  500  1e-140  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000180582  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2735  amino acid permease; arginine permease  52.03 
 
 		 478 aa  497  1e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  4.73019e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2996  amino acid permease family protein  52.03 
 
 		 474 aa  497  1e-139  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.65935e-18 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2716  amino acid permease; arginine permease  51.61 
 
 		 474 aa  495  1e-139  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000134476  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0627  amino acid transporter  53.76 
 
 		 458 aa  497  1e-139  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0212224  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0592  amino acid permease-associated region  50.96 
 
 		 472 aa  495  1e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2786  amino acid permease family protein  51.61 
 
 		 478 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000595058  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2998  amino acid permease family protein  51.61 
 
 		 474 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000337351  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4599  amino-acid permease RocC  50.75 
 
 		 471 aa  489  1e-137  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000205089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0738  amino-acid permease RocC  50.54 
 
 		 468 aa  486  1e-136  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0773  amino acid permease  51.22 
 
 		 471 aa  488  1e-136  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000509453  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0610  amino acid ABC transporter permease  50.64 
 
 		 475 aa  483  1e-135  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10928  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0555  amino acid ABC transporter permease  50.43 
 
 		 473 aa  481  1e-135  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000183711  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0544  amino acid permease-associated region  49.57 
 
 		 472 aa  484  1e-135  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0643  amino acid ABC transporter permease  50.64 
 
 		 475 aa  483  1e-135  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0105569  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0700  amino acid ABC transporter, permease protein  50.43 
 
 		 475 aa  480  1e-134  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0554  amino acid ABC transporter permease  50.22 
 
 		 473 aa  480  1e-134  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000103812  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4659  amino acid ABC transporter, permease protein  51.61 
 
 		 476 aa  479  1e-134  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0350234  hitchhiker  4.63253e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0679  amino acid ABC transporter, permease protein  50.43 
 
 		 475 aa  481  1e-134  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.711414  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0772  amino acid ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 475 aa  478  1e-134  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0711  amino acid ABC transporter, permease protein  49.57 
 
 		 473 aa  478  1e-133  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00282515  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1042  amino acid permease-associated region  50.43 
 
 		 470 aa  473  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3727  amino acid transporter  48.58 
 
 		 468 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2179  amino acid permease-associated region  48.28 
 
 		 468 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0711158  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1306  amino acid permease  54.4 
 
 		 458 aa  465  1e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000234157  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2036  amino acid permease-associated region  48.36 
 
 		 468 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.790711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5714  putative amino acid permease  47.28 
 
 		 470 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65850  amino acid ABC transporter permease  47.06 
 
 		 470 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0397279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0325  amino acid permease-associated region  42.61 
 
 		 462 aa  381  1e-104  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.548967  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4648  amino acid permease-associated region  41.41 
 
 		 538 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3715  amino acid permease-associated region  41.41 
 
 		 538 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0410363 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3806  amino acid permease-associated region  41.41 
 
 		 511 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.742871 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00990  amino acid transporter  40.37 
 
 		 500 aa  355  1e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2176  lysine-specific permease  40.43 
 
 		 488 aa  353  4e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2396  amino acid transporter  40.79 
 
 		 511 aa  353  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.953097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5455  amino acid permease-associated region  41.25 
 
 		 536 aa  352  7e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.402528  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61250  APC family lysine-specific permease  42.98 
 
 		 487 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.405295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3599  amino acid permease-associated region  41.25 
 
 		 511 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3071  lysine-specific permease  40 
 
 		 488 aa  351  1e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5011  amino acid permease-associated region  39.96 
 
 		 514 aa  350  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.677067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5274  lysine-specific permease  42.54 
 
 		 487 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2051  amino acid permease-associated region  41.16 
 
 		 488 aa  348  2e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.111812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3102  lysine-specific permease  39.36 
 
 		 488 aa  347  2e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00351231  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3635  amino acid permease-associated region  38.16 
 
 		 527 aa  348  2e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2594  lysine-specific permease  40.4 
 
 		 520 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0199  lysine-specific permease  40.4 
 
 		 520 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2737  lysine-specific permease  40.4 
 
 		 520 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.279115  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0172  lysine-specific permease  40.4 
 
 		 520 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1010  lysine-specific permease  40.4 
 
 		 520 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1344  lysine-specific permease  40.4 
 
 		 520 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2856  amino acid permease-associated region  39.79 
 
 		 488 aa  346  5e-94  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0658699  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1369  putative lysine-specific permease  39.46 
 
 		 489 aa  345  1e-93  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000742881  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1182  lysine-specific permease  39.46 
 
 		 489 aa  345  1e-93  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000326455  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3104  lysine-specific permease  39.15 
 
 		 488 aa  344  2e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108094  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3085  lysine-specific permease  39.15 
 
 		 488 aa  344  2e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2862  lysine-specific permease  38.94 
 
 		 488 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.456947  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3076  lysine-specific permease  38.94 
 
 		 488 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.121364  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2834  lysine specific permease  38.94 
 
 		 488 aa  343  5e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2794  lysine specific permease  38.94 
 
 		 488 aa  343  5e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.689488  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2247  amino acid permease-associated region  40.43 
 
 		 496 aa  342  9e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0464  lysine-specific permease  39.8 
 
 		 520 aa  341  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3450  amino acid permease-associated region  40.55 
 
 		 526 aa  341  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1758  lysine-specific permease transmembrane protein  42 
 
 		 512 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101162  normal  0.222113 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1932  amino acid permease-associated region  40.85 
 
 		 490 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00030899  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4631  amino acid permease-associated region  39.92 
 
 		 526 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3224  lysine transporter  39.25 
 
 		 493 aa  335  7e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000298398 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0379  amino acid transporter  38.49 
 
 		 526 aa  334  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.139964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1448  amino acid permease-associated region  39.41 
 
 		 511 aa  334  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0115525  hitchhiker  0.00101809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4318  amino acid permease-associated region  40 
 
 		 493 aa  334  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.193493  normal  0.498738 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2418  lysine transporter  39 
 
 		 490 aa  334  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3096  amino acid permease-associated region  39.16 
 
 		 526 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5271  amino acid permease-associated region  39.16 
 
 		 526 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.221406  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>