More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3876 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  100 
 
 		 162 aa  333  7e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  76.54 
 
 		 165 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5049  single-stranded DNA-binding protein  77.33 
 
 		 172 aa  238  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274707  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0656  single-stranded DNA-binding protein  80.54 
 
 		 189 aa  236  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4718  single-stranded DNA-binding protein  90.98 
 
 		 183 aa  234  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.336644 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  79.59 
 
 		 183 aa  230  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0485  single-stranded DNA-binding protein  92.79 
 
 		 181 aa  217  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0518  single-stranded DNA-binding protein  92.79 
 
 		 181 aa  217  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.183562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0514  single-stranded DNA-binding protein  92.79 
 
 		 181 aa  217  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  64.07 
 
 		 167 aa  210  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  67.27 
 
 		 165 aa  207  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  67.27 
 
 		 165 aa  207  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  57.06 
 
 		 168 aa  186  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  56.73 
 
 		 182 aa  186  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  56.55 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  55.68 
 
 		 175 aa  181  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  54.86 
 
 		 171 aa  180  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  56.74 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  52.25 
 
 		 175 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  53.16 
 
 		 180 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  177  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  53.76 
 
 		 176 aa  177  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  55.95 
 
 		 165 aa  177  4.999999999999999e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  59.49 
 
 		 174 aa  177  4.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  57.14 
 
 		 150 aa  177  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  61.54 
 
 		 238 aa  177  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  52.87 
 
 		 175 aa  175  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  60.69 
 
 		 234 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  60.69 
 
 		 234 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  60.69 
 
 		 234 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  60.69 
 
 		 236 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  53.89 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  60.69 
 
 		 236 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  61.94 
 
 		 234 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  67.83 
 
 		 201 aa  171  3.9999999999999995e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  65.6 
 
 		 222 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  53.7 
 
 		 151 aa  170  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  71.17 
 
 		 182 aa  170  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  71.17 
 
 		 182 aa  170  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  71.17 
 
 		 182 aa  170  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  53.14 
 
 		 176 aa  169  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  69.37 
 
 		 182 aa  169  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  70.27 
 
 		 180 aa  168  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  67.54 
 
 		 231 aa  169  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  53.66 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  53.7 
 
 		 151 aa  167  8e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  53.89 
 
 		 158 aa  167  8e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  67.83 
 
 		 183 aa  166  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  63.71 
 
 		 178 aa  165  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  67.57 
 
 		 236 aa  165  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  55.17 
 
 		 176 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  55.17 
 
 		 176 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  55.17 
 
 		 176 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  55.17 
 
 		 176 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  55.17 
 
 		 176 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  55.83 
 
 		 155 aa  164  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  67.57 
 
 		 235 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  67.57 
 
 		 236 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  51.22 
 
 		 159 aa  160  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  50 
 
 		 188 aa  160  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  51.22 
 
 		 159 aa  160  7e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  52.47 
 
 		 157 aa  160  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  52.69 
 
 		 154 aa  160  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  63.56 
 
 		 130 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  50.57 
 
 		 175 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  48.59 
 
 		 190 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0611  single-stranded DNA-binding protein  51.85 
 
 		 168 aa  158  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0751618  hitchhiker  0.00325806 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  51.85 
 
 		 152 aa  158  3e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  47.75 
 
 		 177 aa  158  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  47.75 
 
 		 177 aa  158  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  51.43 
 
 		 175 aa  158  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  62.71 
 
 		 130 aa  157  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  51.88 
 
 		 164 aa  157  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  62.28 
 
 		 161 aa  157  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  62.28 
 
 		 161 aa  157  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  64.29 
 
 		 178 aa  155  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  50.86 
 
 		 173 aa  155  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4247  single-strand binding protein  59.38 
 
 		 246 aa  155  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.301307  hitchhiker  0.0000000000394233 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  51.88 
 
 		 164 aa  155  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  50.91 
 
 		 160 aa  154  5.0000000000000005e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  62.73 
 
 		 178 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  47.28 
 
 		 184 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  57.14 
 
 		 188 aa  154  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  50.59 
 
 		 167 aa  154  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  50 
 
 		 167 aa  152  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  51.88 
 
 		 161 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0277  single-stranded DNA-binding protein  63.55 
 
 		 185 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  63.96 
 
 		 200 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  47.9 
 
 		 163 aa  151  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  50.33 
 
 		 222 aa  150  8e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  50 
 
 		 149 aa  149  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  49.69 
 
 		 154 aa  149  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  60.91 
 
 		 233 aa  148  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>