More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0222 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  617  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 305 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 316 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3051  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.683935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3086  MarR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2701  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2998  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 300 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 316 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 316 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 329 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 329 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.94 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.32 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  35.14 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  30.64 
 
 		 329 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 306 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3082  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 103 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4296  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>