More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1244 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1244  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  645    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0599  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 312 aa  328  8e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4670  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 317 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  hitchhiker  0.00186288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2032  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3898  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.522944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1142  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4389  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1130  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 320 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1223  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 318 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0770  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973031  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1251  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.392675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2065  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 320 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1101  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0099  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0325  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6019  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 322 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1618  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0301028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  27.2 
 
 		 300 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02130  putative transcriptional regulator transcription regulator protein  27.74 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0100  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1551  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  22.92 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3917  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391829  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46060  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89621 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.75 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0374  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1455  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1381  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.727507  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3663  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0495  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212291  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1008  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0155  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150061  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4743  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3543  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2197  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2317  LysR family regulatory protein  25.69 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4285  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 312 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.42 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.42 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1095  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 316 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.42 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2194  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0690526  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4522  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1799  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0309251  normal  0.330495 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1458  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.42 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3814  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  24.42 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4028  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  0.0962956 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.42 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.42 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1389  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1699  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  24.15 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  22.33 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3205  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.241885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2679  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4378  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4054  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6795  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.775917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>