More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2793 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  100 
 
 		 107 aa  216  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  79.05 
 
 		 106 aa  176  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4067  thioredoxin  76.92 
 
 		 106 aa  175  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  78.1 
 
 		 106 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  78.1 
 
 		 106 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2847  thioredoxin  76.19 
 
 		 106 aa  169  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.300873 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  72.12 
 
 		 106 aa  166  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  65.09 
 
 		 108 aa  151  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  62.14 
 
 		 106 aa  140  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  62.14 
 
 		 119 aa  140  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  56.73 
 
 		 106 aa  139  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  53.33 
 
 		 106 aa  137  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  60.19 
 
 		 106 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  62 
 
 		 107 aa  136  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  55.34 
 
 		 133 aa  136  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  55.05 
 
 		 110 aa  136  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  55.77 
 
 		 106 aa  134  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  58.65 
 
 		 106 aa  134  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  59.22 
 
 		 107 aa  134  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  54.29 
 
 		 108 aa  134  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  59.22 
 
 		 107 aa  134  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  61.68 
 
 		 107 aa  133  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  58.25 
 
 		 107 aa  133  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  56.19 
 
 		 108 aa  133  7.000000000000001e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  56.31 
 
 		 104 aa  133  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3658  thioredoxin  51.43 
 
 		 110 aa  133  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00522541  normal  0.779583 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  57.43 
 
 		 108 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000876713  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  53.4 
 
 		 110 aa  132  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  58.65 
 
 		 107 aa  133  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  58.25 
 
 		 107 aa  132  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  51.4 
 
 		 107 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2211  thioredoxin  53.33 
 
 		 112 aa  132  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000765425  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2185  thioredoxin  53.33 
 
 		 112 aa  132  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000121318  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3080  thioredoxin  52.38 
 
 		 108 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  55.34 
 
 		 109 aa  131  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  52.43 
 
 		 110 aa  131  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  56 
 
 		 108 aa  131  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1908  thioredoxin  60 
 
 		 106 aa  130  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00177252  normal  0.288463 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  56.44 
 
 		 109 aa  130  7.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  130  7.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2639  thioredoxin  52.43 
 
 		 110 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0886828  hitchhiker  0.00590655 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  53.47 
 
 		 106 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  52.43 
 
 		 110 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  52.43 
 
 		 110 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  56.73 
 
 		 107 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  52.48 
 
 		 109 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  56.44 
 
 		 108 aa  129  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  57.69 
 
 		 107 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0404  thioredoxin  54.29 
 
 		 109 aa  128  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.986075 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  59 
 
 		 106 aa  128  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  53.77 
 
 		 108 aa  127  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  50.48 
 
 		 108 aa  127  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  51.46 
 
 		 108 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  51.96 
 
 		 110 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  127  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3301  thioredoxin  52.38 
 
 		 106 aa  127  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00133271  normal  0.624218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  53.92 
 
 		 108 aa  127  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  52.48 
 
 		 108 aa  127  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  126  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  55.45 
 
 		 106 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0404  thioredoxin  52.38 
 
 		 109 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000190247  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  54.46 
 
 		 106 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1283  thioredoxin 1  52.43 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149215  normal  0.0874847 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  52.83 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1199  thioredoxin  55 
 
 		 107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000534537  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1344  thioredoxin  51.89 
 
 		 107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00788637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  49.06 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3281  thioredoxin  55 
 
 		 109 aa  124  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  57.28 
 
 		 106 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1138  thioredoxin  55.45 
 
 		 106 aa  124  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.898127  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0368  thioredoxin  52 
 
 		 108 aa  124  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27502 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  52.48 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  51 
 
 		 116 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  52.48 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  51.49 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  52.38 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  54.46 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  54 
 
 		 120 aa  124  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1323  thioredoxin  54.64 
 
 		 107 aa  124  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.131811  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  51.49 
 
 		 108 aa  123  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  51.49 
 
 		 108 aa  123  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  51.49 
 
 		 108 aa  123  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  124  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1989  thioredoxin  54 
 
 		 108 aa  123  7e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.154515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  52.94 
 
 		 108 aa  123  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>