259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1321 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
83 aa  167  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.58 
 
 
80 aa  97.1  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01175  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.11 
 
 
80 aa  97.1  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3476  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  62.16 
 
 
79 aa  96.3  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.173082  hitchhiker  0.00255329 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.53 
 
 
80 aa  93.6  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  62.5 
 
 
79 aa  92  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
79 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
79 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
79 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  59.74 
 
 
82 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1384  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.11 
 
 
79 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.402794 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  59.74 
 
 
82 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1345  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.11 
 
 
79 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00230985  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2434  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.53 
 
 
79 aa  89.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.691221  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1359  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.11 
 
 
79 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00292788  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.14 
 
 
82 aa  88.6  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.11 
 
 
79 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3327  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  59.72 
 
 
79 aa  87.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.779429  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2238  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.53 
 
 
78 aa  86.3  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.264356 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.25 
 
 
82 aa  85.9  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.11 
 
 
78 aa  85.5  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.57 
 
 
84 aa  84  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.57 
 
 
84 aa  84  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.14 
 
 
84 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0414  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.7 
 
 
80 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.04357  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.41 
 
 
79 aa  82  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.84 
 
 
82 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.16 
 
 
87 aa  80.5  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0903  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.68 
 
 
86 aa  80.1  0.000000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.95 
 
 
80 aa  79.3  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.35 
 
 
82 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  63.93 
 
 
78 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0788452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.56 
 
 
80 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.56 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.24 
 
 
76 aa  71.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1147  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.65 
 
 
80 aa  71.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.63 
 
 
132 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.84 
 
 
85 aa  70.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.75 
 
 
76 aa  70.9  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.35 
 
 
112 aa  70.9  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.5 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.95 
 
 
84 aa  69.3  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.25 
 
 
80 aa  67.8  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.14 
 
 
87 aa  67.8  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06260  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.71 
 
 
86 aa  67.4  0.00000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0413231  normal  0.0182875 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.52 
 
 
81 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.24 
 
 
120 aa  67  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.52 
 
 
81 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.75 
 
 
85 aa  67  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.05 
 
 
80 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.29 
 
 
122 aa  65.5  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
76 aa  65.5  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12190  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
83 aa  63.9  0.0000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.77 
 
 
155 aa  62.8  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  44.59 
 
 
77 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 
90 aa  61.6  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2893  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.46 
 
 
86 aa  61.2  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1731  Exonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
85 aa  61.2  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.735568  normal  0.0195932 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.89 
 
 
88 aa  60.5  0.000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.89 
 
 
88 aa  60.1  0.000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0880  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.46 
 
 
109 aa  58.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.06 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.85 
 
 
85 aa  59.3  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.3 
 
 
76 aa  58.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.12 
 
 
76 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
85 aa  58.2  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.31 
 
 
94 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.08 
 
 
94 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.64 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2035  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 
95 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.11 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.11 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  42.03 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.94 
 
 
86 aa  55.1  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0642  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.98 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.768801  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.46 
 
 
93 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0753  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.55 
 
 
81 aa  55.1  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000664309  hitchhiker  0.0000311057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1416  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.79 
 
 
84 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.272045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>