21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4101 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4101  type III helper protein HopAK1  100 
 
 		 555 aa  1130    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3839  type III helper protein HopAK1  81.95 
 
 		 543 aa  877    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1371  Pectate lyase/Amb allergen  43.69 
 
 		 314 aa  247  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00120054  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1777  Pectate lyase/Amb allergen  43.04 
 
 		 314 aa  244  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3378  Pectate lyase/Amb allergen  44.41 
 
 		 314 aa  242  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3306  Pectate lyase/Amb allergen  39.2 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  28 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  25.36 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  28 
 
 		 375 aa  61.2  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  27.48 
 
 		 317 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  24.03 
 
 		 686 aa  57.8  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  28.16 
 
 		 397 aa  57  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  26.69 
 
 		 380 aa  54.3  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  26.78 
 
 		 327 aa  51.2  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  24.23 
 
 		 335 aa  50.4  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1911  hypothetical protein  27.97 
 
 		 1934 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.225892  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  25.86 
 
 		 385 aa  48.9  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  25.21 
 
 		 482 aa  48.9  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  25.84 
 
 		 365 aa  46.6  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  23.08 
 
 		 368 aa  43.9  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  31.43 
 
 		 498 aa  43.5  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>